国有企业实行股份制以后,从理论上讲,企业拥有了完全的自主权,应该能够有效地避免政府及其部门的行政干预,实现自主经营,自负盈亏。但在现实经济运行当中,政府及其部门对改制企业的行政干预仍然程度不同地存在着,并且根据国有股在企业股本总额中所持的比例而有所不同,国有股所占比例较低,行政干预的程度则较低;国有股所占比例较高,行政干预的程度则较强。这里所提到的行政干预主要是指,代表国家控股和持股的一些部门和单位并没有真正实现职能的转换,仍然沿袭计划经济体制下管理国有企业的那套老办法来管理和支配改制企业,使政企难以分开,使新机制作用失灵,使转制企业的经营自主权落不到实处,导致一部分改制企业仍在旧轨道上滑行。这种局面不改变,新机制将无法发挥作用,改制企业将重新陷入计划经济体制下那种恶性循环之中。当前,我国部分企业股份制改制以后,效益继续下滑,亏损继续增加的事实也从反面证明了这一点。