在实践中，涉及劳动争议的案件，用人单位败诉的主要原因之一是因为规章制度制定的程序有问题。《劳动合同法》规定，用人单位的规章制度只有在满足实体合法和程序合法的情况下才有效。用人单位的规章制度制定的程序包括下面两个方面：①规章制度首先交职工代表大会或者全体职工讨论，由职工代表大会或全体职工提出方案或意见;②用人单位的规章制度应该告知劳动者。许多用人单位并未意识到第二点的重要性。在员工入职之时也只是将规章制度发给员工，有的企业甚至只是大概给员工讲解下就完了。岂不知这样在发生劳动争议的时候，用人单位很难提供证据证明已经将规章制度的具体内容告知了员工。
用人单位可以用作公示或告知的方法有很多。比如：签收，就是在员工入职之时可以让员工签署《规章制度签署单》;考试，在平时的工作评估时对此部分进行考核;层层培训，在对员工进行培训的同时加入规章制度的培训;传阅以及发放等。但用人单位无论采取何种方式，都应该保存好相关证据，比如：签收单、会议纪要、培训登记、讨论情况等。
其次，在规章制度中建立健全的员工离职手续办理体系。
虽然《劳动合同法》中规定了劳动者应该按照双方的约定办理工作交接，但这仅仅是一个原则性的规定。用人单位想要用规章制度来规范劳动者的离职手续，应该在劳动合同中写明“员工离职时应该严格按照公司的规章制度办理离职手续”，并在规章制度中对此进行具体、详细的规定。
用人单位最好在劳动关系存续期间进行工作的交接，一般为劳动者提出辞职之后的30日内或者在劳动合同到期之前30日内。工作的交接应该在此时间之内尽量完成，否则容易造成事实劳动关系。实践中，用人单位为防止员工不办理工作交接常常这样规定：员工离职之时的工资以及经济补偿金应在工作交接完毕之后领取。
对于经济补偿金的支付，法律的规定是“办理工作交接之时”，意思是可以在办理完毕之后支付也可以在办理过程中支付。但是工资部分，是要求在劳动合同解除或终止之时支付。在实践中，一般都是在这个月领取上个月的工资，有些用人单位认为只要是在规定的薪资发放日支付就不算是拖欠工资，其实不然。《工资支付暂行规定》第九条规定：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。如果用人单位一直未支付，那么很容易变成拖延工资。这对用人单位是存在法律风险的，《劳动合同法》规定了如果拖欠工资可能会产生50%～100%的赔偿金。
因此，用人单位应当在规章制度中对于离职工资的交接进行单独的规定，而不能够按照实践中经常采取的工资发放日期。在规章制度中，用人单位也可以规定如果员工违反服务期的规定，公司可以不计发工资以折抵违约金，这样可以避免进一步的损失。
《劳动合同法》中规定了用人单位应该在劳动合同解除或终止之日起15日内为劳动者办理档案和社会保险关系的转移。因此，用人单位应该在规章制度中明确员工离职之时档案关系的转移时间以及具体办理程序。
如果劳动者不配合用人单位的工作交接，给单位的工作带来了损失或者有的劳动者直接就“消失”了，也不领取当初离职之时应该领取的补偿金，此时用人单位应该如何保障自己的权益呢?
用人单位应在规章制度中明确规定“劳动者拒不配合用人单位进行工作交接的，属于严重违反规章制度的行为”。《劳动合同法》第三十九条明确规定了如果劳动者严重违反规章制度的，用人单位可以解除劳动合同，并且不用支付经济补偿金。这样劳动者一旦出现拒不配合的情形，用人单位就可以以此为由解除劳动合同。这样会对劳动者产生两个方面的影响：①对于原本有经济补偿金的劳动者，会丧失经济补偿金;②对于自动辞职的劳动者，劳动关系终止的原因会由辞职转变为因严重违纪而被公司解除劳动合同，这对其以后的再就业会产生一定的影响。
用人单位还可以在规章制度中明确法律的规定“因劳动者不按照约定办理工作交接，给企业造成损失的，劳动者应承担相应的赔偿责任”。
但用人单位不可以因为员工不来上班了或者提交辞职手续了就不办理离职手续。《劳动合同法》中明确规定了员工离职应该办理手续。即使员工在提交了辞职手续之后或者在没有任何通知的情况之下直接就不来上班了，用人单位也应该按照本单位规章制度的规定给其办理离职手续，并将书面形式送达给劳动者。难以寻找本人无法直接送达之时，可以交其同住成年亲属签收。直接送达有困难时可以邮寄送达。如果被送达职工下落不明的，也可公告送达，即张贴公告或通过新闻媒介通知。自发出公告之日起，经过三十日，即视为送达。但是用人单位能够直接送达或邮寄送达而未用，直接采用公告送达的，视为无效。
用人单位如果在员工离职之时与员工签订《竞业禁止协议》后员工下落不明的，公司可以采取提存的方式。债权人无正当理由拒绝或延迟受领债之标的的，债权人不在债务履行地又不能到履行地受领的，债权人不清、地址不详的或失踪、死亡(消灭)且继承人不清的或无行为能力且法定代理人不清的，债务人都可以进行提存公证。用人单位在无法将补偿金支付给员工的情况下符合提存的条件。因此，可以选择提存公证的方式将补偿金一次性提存或者按月提存(一次性提存应该更合算一些)。
此外，用人单位可以采取在协议中明确员工的住址以及联系方式，公司可以按照协议上的地址将补偿金邮寄给员工，或者在协议中明确员工的账户，并且约定在协议期满之前不可以注销账户。
