面对并购方的敌意收购或恶意收购，为了争夺公司的控制权，目标公司董事会必然会采取反并购措施。比如国外常用的"焦土战术"、"死亡换股"等反并购手段，会在很大程度上危害公司股东的利益，往往在成功抵制了并购之后伤筋动骨甚至大伤元气，或者与并购方两败俱伤、同归于尽。
我国公司并购是在产权改革不到位、市场经济体制尚未完全形成的经济转轨时期发生，到目前为止，关于公司并购方面的法律法规相对滞后。实践中，由于一些企业在并购方面操作的不规范，不符合法律规定的基本原则，致使并购纠纷不断增多，加大了公司并购的成本。
(五)行政干预导致的风险 公司并购一般来说应是纯粹的市场行为，是企业根据其对市场的判断主动作出的决定。然而在我国，由于国家是国有企业所有权的主体，政府代表国家行使所有权、行政权、财产权，因此，政府主导型的并购仍然频繁发生，带有强烈的行政色彩，有些甚至违反企业意愿强行并购。有些国有企业因并购而由非国有经济主体占控股地位，但政府部门仍直接任命企业管理人而不通过股东会和董事会，从而引发纠纷。
(六)产权不明、主体不具备资格导致的风险 由于对被并购企业的产权没有进行界定或界定不合理，或者未向有关部门办理相关法定手续，导致产权不明，并购后容易造成并购方与被并购企业产权相关人的产权确认纠纷，容易造成股东之间、新老股东之间对资产价值和应承担的义务发生争议。这些纠纷主要发生在那些名叫公司实则为尚未改制的全民所有制企业和乡镇集体企业，以及合伙企业、个人独资企业的并购活动中。此外，由于国有资产所有者不明确或不落实，出售企业的主体不明确，经常导致被出售的国有企业以出售者的身份"自己卖自己"现象发生。有些被并购企业的经营范围是不允许外商经营的，却由外商收购经营等等，从而导致纠纷的产生。
(七)利用并购进行欺诈导致的风险 兼并方以分期付款为诱饵，先签订并购协议，办理资产的产权转移手续，然后再将资产抵押、质押贷款，尔后拒不支付余款，甚至远走高飞，致使被兼并方债权悬空。或者被并购方隐瞒债务，尤其是隐瞒担保债务，做假账，虚报赢利，虚列债权，对债权进行所谓的"技术处理"，致使兼并方在接收后债务增加，债权落空等，因而产生纠纷。
(八)因员工安置问题而导致的风险 并购后的企业，为适应新的运行机制的需要，往往对原企业签订的劳动合同进行变更或重新签订，容易与劳动者产生争议。如有些企业并购后，只与在岗职工"重新签订"了劳动合同，而未与休假、病退、停薪留职等职工"重新签订"劳动合同。有些并购后的企业在变更劳动合同时，给劳动者附加一些限制性条件。
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