在企业收购所采取的方式上可以分为资产收购和股权收购。所谓的资产收购，是指收购方以有偿对价取得被收购方的全部或部分资产的民事法律行为。而股权收购则是收购方购买目标公司股份的一种投资方式。两种公司收购方式有相同点亦存在区别。相同点在于两种公司收购方式追求的目的基本相同，即追求收购方利益的最大化，扩展生产经营的盈利空间，创造更多的利润。而对于被收购方，则是其摆脱困境或利用收购方的优势使自己能涉足更广阔市场，是增强企业竞争力的有效方式。但两种收购方式不可避免地存在区别，这种区别就是企业在进行并购时所要考虑的，是其选择哪种方式进行企业收购的重要参考因素。
1、两种收购方式涉及的主客体不同。在股权收购中，收购方要得到的是目标公司股东手中的股权，参与的主体是收购公司和目标公司的股东，客体则是目标公司的股权。资产收购中，主体就是参与的公司，客体就是目标公司的资产。
2、两者对于负债的承担风险不同。股权收购方式下，收购公司通过收购目标公司股权进入目标公司并成为股东，依照《公司法》的规定，股东在其出资范围内对公司承担责任，但由于收购后目标公司的原有债务并不能消失，并仍应由目标公司承担。因此，在收购后目标公司的原有债务会对收购后公司的经营以及股东的收益产生巨大影响。故在股权收购中，收购公司必须查清目标公司的债务状况，并尽可能在股权转让协议中对目标公司的既有债务和潜在债务的风险予以规避。
而在资产收购中，相较于股权收购，收购公司并不会存在对目标公司原有债务及或有负债的承担问题。但在资产收购中，也不能就此掉以轻心，应考虑资产收购中所涉及的资产有可能被设定他物权等权利限制，因此，资产收购仍存在一定的实现风险。
3、两种收购方式的税负不同。股权收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司股东，而与目标公司无关。除了印花税外，目标公司股东可能因股权转让而缴纳企业或个人所得税。而在资产收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司本身。根据目标资产的不同，纳税义务人需要缴纳不同的税种，主要有增值税、营业税、所得税、契税和印花税等。
4、两种收购方式受到不同主体的限制。股权收购是收购公司对目标公司股东股权的收购，依照《公司法》的规定，收购公司并非目标公司的股东，因此，其在收购目标公司股东的股权时要遵守《公司法》的规定，即须有目标公司过半数的股东同意转让，并且其他有优先受让权的股东会放弃受让该股权。如果目标公司在公司章程中对股权的对外转让有其他规定，转让行为还必须符合公司章程的其他规定。而对外商投资企业的股权收购，还须取得其他合营方的同意。因此，股权收购可能会受制于目标公司其他股东。
资产收购中，对该资产享有某种权利的人，如担保权人、抵押权人、商标权人、专利权人、租赁权人，可能会对资产的转让产生影响。一旦所转让的资产存在这些权利，其转让还要征得权利人的同意或者将转让资产上设定的权利限制消灭后才可进行。
5、变更手续不同。在股权收购中，由于目标公司的股东发生了变化，收购公司进入目标公司成为其新股东，因此，应按照法律规定到工商部门办理股东变更登记。而在资产转让中，虽不需要到工商部门办理变更登记，但在涉及所转让的资产为不动产时，则可能因资产权利人的变动需要到不动产登记管理部门办理过户登记。
6、会计核算运用的科目不同。对于资产收购不论是采取股权支付、还是非股权支付或者采用两者相结合的支付方式，对收购的资产都应按资产收购清单中的交易资产名称设置会计科目进行核算，而股权收购则一律通过“长期股权投资”科目核算。
