（1）主体不同。公司合并是公司间的行为，主体是参加合并的各公司。公司合并要由参加合并的各公司作出决议，要有合并各方公司签订协议。股权收购是收购公司与目标公司的股东之间的交易行为，主体是收购公司与目标公司股东。协议收购中，收购方要与目标公司的股东订立协议；要约收购中，收购方要向全体股东发出要约。不论哪种方式，股份的出售者都是目标公司股东。与此相连的是股份收购决策的分散型和交易的困难性。
（2）效力不同。公司合并的效力使公司实体发生变化，被并公司解散，丧失法律人格。吸收合并中，被吸收的公司解散，丧失法律人格，并入存续公司。新设合并中，各方都解散，丧失法律人格，新设公司取代合并各公司。
收购的效力使目标公司控股股东发生变化，目标公司本身不发生变化，依然存续。在股权收购中，收购方成为目标公司的控股股东，目标公司作为收购方的控股子公司而存在。在整个收购中，收购方成为目标公司唯一的股东，目标公司作为收购方的公司而存在。在整个收购中，收购方成为目标公司的唯一股东，目标公司作为收购方的全资子公司而存在。于此相连，权利义务的承担也不同。公司合并中解散公司的权利义务由合并后存续公司和新设公司承担，公司收购中，目标公司本身未发生变化，并未丧失法律人格，其权利义务由目标公司自身承担。
（3）性质不同。公司合并须由双方达成合并协议，是双方平等协商、资源合作的结果。合并公司与被合并公司处于“友好”关系中。双方平等自愿协商的结果，合并双方表面上也呈“友好”关系状态。在股权收购中，收购者与被收购的目标公司的关系就不尽一样。当被收购公司的管理层对收购响应并积极配合时，收购就成“友好”收购性质。当被收购公司管理层拒绝、阻碍收购时，收购就呈“敌意”收购性质。
（4）控制程度不同。公司合并中，被并公司完全并入存续公司或新设公司，后者取得被并公司的全部财产、权利义务，被并公司作为存续公司、新设公司的一部分而完全受其控制。股权收购中，收购方既可以收购目标公司的全部股份，进而完全控制目标公司，也可以只收购的目标公司50%以上的股份，而取得对目标公司的控制权，实现拥有控制权下的“合资经营”。
（5）程序和法律适用不同。
公司合并作为一种法定合并，要严格遵守法定程序，包括董事会提出合并方案；股东会对合并做出特别决议；合并双方签订合并协议；实施债权人保护程序；办理合并登记等。
股权收购则不需要履行上述程序，不须取得目标公司管理层、权力机构的同意，不需要债权人保护程序等。上市公司股权收购主要履行证券法规定的有关程序。采取协议收购方式，收购人依照法律规定同被收购公司的股东签订股权转让协议，向证券管理部门及证券交易所报告并于公告后，履行收购协议。
采取要约收购方式的，收购方持有被收购股份时，应进行报告和公告，持有股份超过30%继续收购的，则要发出收购要约，在收购要约期限（30-60日）完成收购。非上市公司之间的收购，属于股东转让出资、股份的行为，使用公司法关于股东转让股份、出资的规定。根据我国公司法的规定，有限公司中，股东可以相互转让其全部或者部分出资股东向股东以外的人转让出资，必须经全体股东大会半数同意；不同意转让的股东应当购买该转让的出资，若不购买该转让的出资，视为同意转让。非上市公司的收购，也要有收购方与目标公司的股东签订并履行股权转让协议。
