在外资并购上市公司的主管部门中,中国证监会与商务部是两个最重要的审批机关。证监会主要审查外资并购行为是否对中小股东造成了利益损害,监管并购各方履行信息披露义务的适当性,以及对全面要约义务的豁免申请进行审核;而商务部主要负责外资产业政策、企业性质变更(由内资企业变更为外商投资企业)及行业垄断问题的审核。我们看到,在实践中,收购人不论是先获得商务部批准,还是先获得中国证监会的全面要约收购豁免,都在程序上存在着问题。在《通知》与《暂行规定》发布后,唯一完成的"华润锦华"收购案例中,根据上市公司公告,我们看到"华润锦华"于2003年6月9日公告称外资并购获得商务部的批准,同意股权转让与股权转让协议并同意公司相应变更为外商投资股份有限公司;后于2003年6月24日公告称公司获得中国证监会对要约收购义务的豁免。假设此案例中"华润锦华"没有获得证监会的要约收购豁免,则收购方必须履行收购义务,那么相当于收购行为刚刚开始,商务部的批文也就形同虚设。而另一方面,如果证监会先审核要约收购豁免申请,其审核结果为不豁免,则如果等待要约收购义务履行完毕才向商务部报批,如果商务部由于行业垄断问题或外商投资产业政策问题等不批准收购行为,则已经履行的要约收购则变为无法解决的问题。因此,我们认为,中国证监会与商务部应就外资并购事宜进行联合审批而不应各自行事。在实际操作中,收购人只能同时与证监会及商务部进行沟通,并促使两家主要审批机关在审核意见上及批准时间上达成共识。