(一)个人独资企业强调投资主体为一个自然人外商独资企业强调投资主体来自于国外,可以是国外自然人,也可以是国外公司、国外其他经济组织、无国籍人等。
(二)个人独资企业非法人主体,投资者对企业承担无限责任,外商独资企业是法人主体,投资者对企业承担有限责任,即使是国外自然人投资,一般也是成立的一人有限责任公司。
(三)个人独资企业不交企业所得税,由投资者统一按个体工商户经营所得超额五级累进税率交纳个人所得税,外商独资企业交企业所得税。
(四)设立外商投资企业有单独的要求,如:必须有利于中国国民经济的发展,并且采用先进的技术和设备,或者产品全部出口或者大部分出口。设立外商独资企业,必须先由国务院对外经济贸易主管部门或者国务院授权的机关审查批准后,外国投资者方能持批准文件向工商行政管理机关申请登记,领取营业执照。个人独资企业的设立条件相当宽松,设立程序较为简便:只要有合法的企业名称、有投资人申报的出资、有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件和必要的从业人员,企业登记机关就应当在法定的期限内予以登记。除非个人独资企业拟从事的业务为法律、行政法规规定须报经有关部门审批的业务,就不需要向登记机关提交批准文件。