根据《公司法》、《证券法》及《上市公司章程指引》的内容，上市公司在实际操做中应注意以下问题：
(1)关联股东回避表决。为了促进股东参与股东大会、避免关联股东操纵表决结果、减少大股东通过关联交易损害上市公司利益的行为。新修订的《上市公司章程指引》删除了97版对关联股东回避做出了例外规定，即在关联股东回避表决将导致股东大会决议无法通过时，不允许再按照非关联交易的程序进行表决，公司只能设法召集更多的非关联股东参会，再次召开股东大会进行表决，避免关联股东的操纵行为。
(2)内部董事人数的限制。证监会在日常监管中发现一些上市公司的真正控制者不是股东，而是公司经营的实际执行者，即所谓的 “内部人控制”现象。由于股东利益与经营者利益在一定程度上存在不一致，在公司治理结构失衡的情况下，“内部人控制”会让公司更多地追求经营者利益，甚至出现“内部人”频繁利用关联交易等违规手段掏空上市公司的情况，进而损害股东利益。加之，由于“内部人”是公司经营活动的实际执行者，“内部人”的掏空行为更具时间长、隐蔽性强等特点。在此情况下，股东很难对其行为进行有效监督。为了使公司治理结构趋于有效制衡，防止因内部董事人数过多，增加“内部人控制”的风险，新修订的《上市公司章程指引》在保留97版规定的基础上，将其修改为“兼任经理或者其他高级管理人员职务的董事以及由职工代表担任的董事，总计不得超过公司董事总数的二分之一”。
(3)董事会委任会计师事务所的限制。上市公司信息披露的质量很大程度上依赖于中介机构严格执业。由于97版的《上市公司章程指引》规定，在会计师事务所职位出现空缺时，董事会在股东大会召开前，以委任其他会计师事务所，导致上市公司董事会为掩盖公司财务问题、频繁更换会计师事务所的情况频频出现，使一些会计师事务所屈从公司压力，丧失谨慎原则，违反审计准则甚至与上市公司串通造假。另外，董事会决定、股东大会追认的聘用程序，存在股东大会否决董事会所聘会计师事务所，可能导致年报披露出现瑕疵。鉴于上述情况，为了使会计师事务所真正发挥“经济警察”的作用，新修订的《上市公司章程指引》规定，公司聘用会计师事务所必须由股东大会决定，董事会不得在股东大会决定前委任会计师事务所。
