我国上市公司的股权结构特征非常明显，主要有以下几个方面：
(1)股票种类繁多，流通性差。我国股票市场共有国家股、法人股、社会公众股、外资股、内部职工股和转配股六种之多。其中有些可以流通，有些则是不可流通的。而且，不同种类的可流通股被分割在不同的市场中，有着不同的价格。但是，我国上市公司的实际情况却违背了这一基本逻辑，内资股和外资股的市场被分割，有着各自不同的市场价格，国家股和法人股不能上市流通，其协议转让价格也是远低于同一公司的A股价格，并且，不同种类股票的持股主体拥有的权利也不相同。
(2)国有股比例总体占绝对优势，已上市公司的国有股比例呈现下降趋势。国有股在上市公司总股本中一直占绝对优势，不过在已经上市的公司中其比例已从 1992 年至今呈下降趋势。国有股的绝对数由 28.50 亿股上升到 1473.92 亿股，2000 年的规模是 1992 年的 51.72 倍。国有股的比重总体上虽然起伏不定，但这是由于新上市的股本数额较大的公司(股市上称为“大盘股”)国有股比例较大引起的。实际上，大部分上市公司的国有股在公司股本中的比例一直在下降。近几年国有股股东将国有股转让给其他法人，股权性质变更为法人股，国有股实现了退出。国有股股东在绝大多数公司的配股、增发中部分或者全部放弃，也导致了国有股比例的下降。
(3)上市公司大股东股权高度集中与公众股股权高度分散。上述不对称反映到公司治理结构上表现为公司治理体制不完善，股权控制监督缺乏有效手段和措施，监事会未能充分发挥作用。大股东在公司治理结构中占据控制地位，公司治理无法形成互相制衡的关系。上海证券交易所 2000 年的一项调查表明，上市公司的董事会超过 50%的董事是由一个大股东委派，且有超过 50%的董事属于公司内部的执行董事。非执行董事(包括独立董事)比例偏低，他们往往不如内部董事熟悉情况，决策时难以发表意见，而成为“花瓶董事”。
(4)国有大股东的所有者缺位，产生代理问题和损害中小股东利益两个互相交叉的问题。具体表现在，国家股股东对公司的控制具有两个“超级”的状态：在经济上，由于所有者的缺位处于“责任心”控制而不是“资本性”控制的超弱控制状态;在政治上，由于行政级别和行政权利的设置处于超强控制状态。
(5)随着越来越多的民营企业的上市，出现了私人股东和家族股东一股独大的新问题。抬高新股发行价格、高派现、高配股等种种“圈钱”的手段层出不穷。如何加强对这类上市公司的监管以及提高其治理结构的效率，避免私人大股东的独断专裁，保护中小股东的利益，成为我国上市公司新的问题。
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