国有企业改制后，企业由遵循《企业法》变为遵循《公司法》。
工厂制企业与公司制企业所遵循的法律依据是不相同的。1988年8月1日开始施行的《中华人民共和国全民所有制工业企业法》，是工厂制企业所遵循的基本法律依据之一。而建立公司制的现代企业，所遵循的是《中华人民共和国公司法》。由于工厂制和公司制所遵循的法律依据不同，因此，在企业的设立、变更和终止;企业的领导制度;企业的运作机制;企业的管理方式和管理手段;企业中各种成员和机构的职、责、权等，都是完全不同的。
比如，《企业法》规定，实行厂长(经理)负责制，厂长依法行使职权，受法律保护。厂长是企业的法定代表人。企业建立以厂长为首的生产经营管理系统，厂长在企业中处于中心地位，对企业的物质文明建设和精神文明建设负全面责任。企业重大问题的讨论方案，均由厂长提出。而《公司法》规定，董事长是企业的法定代表人，公司实行法人治理结构的企业领导制度，经理层是执行层，董事会审议经理层的报告等。
2.投资主体不同
过去国有企业一切财产都是国家的，没有其他投资者、出资人，所谓全民所有制就是人人都有，人人都有实际上就是人人都没有，自然也就没有人对企业的资产负责任。改制后，国有法人和职工持股会成为公司的两个投资者，两个投资者分别以其出资额为限对公司负有限责任，从而改变了过去国有独资一统天下并负无限责任的局面。
3.隶属关系不同
国有企业改制后，企业由行政隶属关系变为以资本为纽带的母子公司关系。
集团公司和各子公司，都是法律地位平等的企业法人，是以产权为纽带的投资与被投资的关系，没有领导与被领导的关系。集团公司对控股子公司，不能再像过去那样以行政手段直接管理，而是通过行使股东权力来管理。主要有四个方面，一是通过派到子公司的股东代表、副董事长直接传达、贯彻集团公司的战略意图。二是通过派到子公司的董事参与重大问题的决策。三是通过派到子公司的监事，代表集团公司发挥监督作用。四是通过集团公司董事会推荐到公司的管理者，代表集团公司对法人财产履行保值增值责任。新的体制建立后，集团公司和子公司虽然党工团组织依然是上下级关系，受集团公司领导，但在行政管理方面不存在上下级关系。当然，由于同属主业系列，集团公司有关部门可对子公司进行业务指导和工作协调，但绝不能因此就要求上下对口。
4.党群领导不同
公司成立后，党群领导都具有双重职务。如公司党委书记、纪委书记和工会主席现在都是双重职务，担任双重职务与过去在企业兼各种职务有本质的不同。按《公司法》运作，不同的职务有不同的责任，不能角色不分，混为一谈。如党委书记是按党章选举产生，按企业基层党组织的有关制度，主要职责是贯彻执行党的方针政策，对企业起政治保证作用。而作为董事长，是董事会选举产生的，是企业的法定代表人，是股东会和董事会的召集人和主持人，主要职责是主持审议企业重大问题决策，研究企业的长远发展战略。同时董事长还要以法人代表身份处理公司对外重要事务。这两个角色放在同一个人身上，他既不能强化一个职责而淡化另一个职责，也不能不分角色，具体来说就是不能以董事长的身份去管理党务或以党委书记的身份主持董事会。又如工会主席按《工会法》要维护代表职工的利益，作为持股会理事长要按《持股会章程》维护出资者的利益，这完全是两个性质不同的角色。
5.管理者不同
工厂的厂长与公司的总经理是有区别的。一是产生的方式不一样，过去的厂长是上级任命的，要对上级负责;现在的总经理是党委审查、法人股东推荐，董事长提名，董事会聘任的，要对董事会负责。二是对外代表企业的身份不一样。过去的厂长是企业法人代表，而现在董事长是法人代表，总经理在董事长授权范围内，也可以代表公司。三是权力范围不一样，过去的厂长在企业生产经营中处于中心地位，现在的总经理是执行层，总经理必须不折不扣地贯彻执行董事会决议，根据董事会的决策对公司日常经营管理工作负全面的责任。总经理必须对董事会负责，董事会与总经理是委托代理关系。同时董事长与总经理职责范围不一样，董事长在企业主要管长远规划、投资规划以及需要在董事会上决策的大事;董事长一般不具体管生产经营，而总经理要管公司日常所有的具体工作。公司成立以后，管理层人员的任职有了本质的不同。
6.会议程序不同
国有企业改制后，企业的会议程序由随机动意变为有严格的程序要求。
以前，国有企业召开厂长办公会和党政联席会时，随机动意较多。改制后，公司的会议必须按《公司法》和公司章程规定办理。《公司法》对召开董事会有严格要求，例如，每次董事会应于会议召开10日前通知董事，将需审议的议案一并送达董事让其在会前有充分的考虑时间;董事会必须由董事本人出席，因故不能出席的，要书面委托其他董事代行其在董事会上行使的董事权力，并应注明委托时间、事项和范围;董事会议事方式实行举手表决制;出席会议的董事要在会议记录和会议决议上签名盖章。这种会议程序，一方面体现了对董事的尊重，另一方面也是董事承担决策责任的制度保证。
7.决策风险不同
国有企业改制后，企业由责任不清变为董事会集体决策并追溯个人责任。
8.管理方式不同
国有企业改制后，企业管理由"老三会"变为新老"三会"的有机结合。
"老三会"是指党委会、工会、职代会，"新三会"是指股东会、董事会、监事会。企业改制后，新老三会的有机结合是建设有中国特色的现代企业制度的组织保证，我们在实践中坚持以"新三会"为主体框架结构，"老三会"有机地渗透到"新三会"中发挥作用。在同一个企业里，这六个会不能互相替代，各自按自己的章程办事，但六个会的目标是一致的，就是把企业的各项工作干得更好。处理好新老三会关系的一个重要思路是老三会要按现代企业制度的要求转变工作职能和领导方式。党组织、职代会、工会选派代表通过法定程序进入董事会、监事会，在董事会、监事会中参与重大问题决策，发挥党组织的保证监督作用和职工民主管理的作用。同时，董事会在对重大问题做出决策前，涉及到重要干部问题，事先要听取党委的意见，公司党委对董事会要聘任的经理人员人选进行考查，提出建议，然后分别由董事会和总经理聘任。涉及到职工切身利益的问题，总经理事先要征求职代会、工会的意见，这些都体现了"新三会"和"老三会"的结合。企业改制以后，公司的运作在很多方面都有所不同。
9.职工身份不同
国有企业改制后，职工由劳动者变为既是劳动者又是所有者。
企业改制前，职工是国家的主人，是企业的主人翁，这种主人或主人翁，更多是从政治意义上体现的，因为企业是国家的，企业的一切财产都是国家所有的，职工主要是劳动者的身份。企业改制后，成立了职工持股会，绝大多数职工都是加入了职工持股会，成为会员，职工持股会是公司的股东之一，职工购买企业的股份，职工不再是单一的劳动者，成了企业的投资者和企业资产的所有者，享有劳动者、投资者和所有者的一切权利，成了名符其实的企业主人。
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