1.国有资产投资主体模糊，权责不明。国有商业企业的所有者是国家，但是对每个国有商业企业而言，究竟哪个机构代表国家行使所有权却不明确。国家财政、计划部门、企业主管部门都代表国有企业所有者，掌握所有权的一部分职能，使完整的所有权被肢解。而且这些职能部门其本身的权利与责任脱节，一旦权利行使不当给企业带来经济损失时，谁也不承担相应的经济责任。改革以来，虽然从中央到地方都已建立了国有资产管理局，但是其职能尚未完全到位，新的国有企业产权制度未能建立起来，国有商业企业投资主体模糊的问题并没有真正得到解决，其结果导致政府的行政管理权与国有资产所有权混淆不清，国有资产所有者的经济利益被淡化，国有商业企业成了政府行政部门的附属物;企业干部管理的行政化成为政府机关控制企业的重要手段;此外，国有商业企业内部的产权约束机制弱化，使得很多企业缺乏加强科学管理的内在动力，无人对国有资产保值增值负责，导致企业国有资产家底不清，核算失真，管理不善，国有资产权益受损。
2.企业负债率过高，经济效益低下。据有关统计资料表明，近几年来，我国国有商业企业的资产负债率从原有的35%上升到70%左右，少数企业的资产负债率竟高达80%以上。负债经营是现代企业筹资的一种重要手段。企业负债比率一般不应超过5%，否则说明企业借入资金多于权益资金，将使企业处于过度负债或经济危机之中。造成国有商业企业过度负债的原因是多方面的，一是国家对国有商业企业的资产投入严重不足;二是计划经济管理体制下造成的，本应由财政解决的政策性亏损长期挂在企业帐上，财政未能弥补，而由企业经营资金垫补，导致企业负债增加;三是企业缺乏自我积累的能力。长期以来，国有商业企业的利润绝大部分上交国家，企业留成收益水平很低，难以补充自有资金不足留下的缺口，不得不靠大量举债来维持企业运转。企业过度负债引起的后果是严重的，已成为建立现代企业制度的一大障碍。
3.企业办社会，包袱沉重。在计划经济体制下，国有企业自成体系，一个企业如同一个“小社会”，职工的住房、医疗、离退休、子女的入托、上学、就业等问题，全要包下来。企业为此创办了医院、学校、幼儿园和其它福利公共设施，这部分非经营性资产占企业全部资产的15-20%，不仅占用了大量物力，还占用了大量人力和财力，造成非经营性开支占全部费用的比重加大;二是离退休人员多是国有商业企业中普遍存在的问题，在职人员与离退休人员的比例一般达到3:1，有些企业高达2:1，离退休人员的工资及医药费用在逐年增加;三是国有商业企业的富余人员多，职工不能满负荷工作，工作效率低。产生以上问题的主要原因在于，政府和企业的职能错位，导致政府办企业、企业办社会的局面。
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