(一)进行可行性认证。面临改制的事业单位，要根据单位的性质、发展前景、市场竞争能力、改制的方式和方法等诸方面做好可行性研究，涉及到职工合法权益的，应当听取职工代表大会的意见，对职工安置等事项应当经职工代表大会讨论通过，按照内部决策程序进行审议并形成书面决议，上报上级主管部门和国资监管部门审批。
(二)清产核资、审计评估。得到相关部门核准后，改制单位就进入审计、评估阶段。①改制单位的上级主管部门应加强对清产核资工作的指导和监督，在改制单位申请资产审计、评估立项后，由主管部门委托具有资质的中介机构对改制单位进行资产审计、评估，对国有资产该认定的要认定，该剥离的要剥离，该核销的要核销;②产权界定、资产处置方案等，要上报国有资产监管部门核准;③在审计、评估过程中，中介机构必须按照国家有关规定依法独立、公正地执行业务，任何单位和个人不得干预其正常执业行为，否则将依法追究其责任。
(三)确定改制形式。由于事业单位具有涉及面广、类型复杂等特点，在改制过程中不能搞“一刀切”，要根据各个单位的不同特点来决定改制的形式。①对资产不是很多、参股人数较少的事业单位，可以改制为有限责任公司;②对于职工入股愿望强烈、人数较多的单位，可先实行股份合作制，逐步向规范的股份制转化;③对那些资产规模大、经济效益好的单位，股份有限公司是最佳的选择;④对个别资不抵债、长期亏损且无法正常运作的单位，可采取合并、关闭、人员分流等办法。
(四)公告转让项目。改制单位的国有资产转让项目，要委托产权交易机构，在省级以上公开发行的经济或金融类或与改制单位业务相关联的报刊和产权交易机构网站上，公开披露20个工作日，广泛征集受让方。需披露的信息包括：①转让单位的基本情况;②转让单位的内部决策及批准情况;③转让单位经审计的主要财务数据;④转让单位资产评估核准或备案情况;⑤受让方应当具备的条件(包括具有良好的商业信誉和社会形象，具有良好的财务状况和支付能力等等);⑥事业单位的注销证明;⑦其它需披露的事项。其中对受让方应具备的条件中，应根据转让的事业单位的性质、特点来制定。
(五)确定转让方式和转让价格。信息披露后，经公开征集产生两个以上受让方时，转让方应当与产权交易机构协商，根据转让标的的具体情况采取拍卖或招投标方式组织实施产权交易;经公开征集只产生一个受让方或按照有关规定经国有资产监管部门批准，可以采取协议转让的方式。协议转让的价格，应由转让方、受让方协商确定后，报国有资产监管部门批准;当交易价格低于评估结果的90%时，应当暂停交易，在获得国有资产监管部门批准后方可继续进行。
(六)签订产权转让合同。采取拍卖、招投标或协议转让方式，确定了受让方和转让价格后，经过充分协商，依法妥善处理转让中涉及的相关事项后，转、受让方就可以签订产权转让合同。成交后，转、受让双方应当凭产权交易机构出具的产权交易凭证、事业单位注销证明等，按照国家有关规定及时办理相关产权登记手续。改制单位的上级主管部门、产权交易机构要协调好产权交接事宜，尽快使新成立的企业运营起来。同时主管部门收回事业单位公章，接受财务、文书等档案，并向编制部门提出撤销事业单位建制，办理事业单位法人注销手续等。
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