但是，农村基础设施仍然相对脆弱，农村公共服务缺失现象仍然相当严重，农民税费负担直到前几年才有根本性扭转。多年来农民不但未能从财政支农中得到明显的实惠，一些地方农村公共设施和公共服务反而出现了恶化的现象，农民还要承受着名目繁多的摊派。农民生产生活条件、村容村貌等迫切需要改变。
各级政府投资多，农民也没有少出钱出力，但农业发展、农村建设和农民福祉的改变与预期目标仍然存在着巨大的差距，究其根本原因是制度设计有严重的缺陷。如果新农村建设继续沿用长期形成的传统支农模式，投资再多，取得的效果也要大打折扣，甚至社会主义新农村建设就会夭折。这样，势必影响到我国现代化整个进程，后果十分严重。
设计新农村建设公共投资制度，必须考虑解决投资什么，怎样才能确定建设项目等基本问题。项目选择的好，公共投资才会有效。项目选择的好不好，不能有政府主管部门和领导说了算，应充分尊重农民意愿，优先解决农民关心的基础设施和公共服务，尤其是对当地经济发展起着瓶颈制约的因素，严重影响农民生活的环境条件。从农民实际需要出发，在新农村建设开局之年，选准最适宜的项目进行投资建设，让农民切身感到新农村建设所带来的新气象。这样，必将带来新农村建设的良性发展，也让那些对新农村建设起怀疑态度的人尽快转变观念，化消极因素为积极因素。
在农村建设中，过去比较喜欢一年内在全国集中一个项目进行投资。这次新农村建设，是否需要每年确定一个建设热点，集中投资？
我国地域辽阔，各地差异大，发展极其不平衡，每个地方对农民发展经济和改善生活的瓶颈制约存在着很大差异，一刀切的方法必然会降低公共投资的有效性。发达地区农村经济条件相对较好，突出的问题可能是村容村貌，如何建设新型农村社区应是投资热点。不发达地区可能道路通讯问题都没有解决，农村教育的瓶颈约束也十分明显，优先投资基础设施和公共服务应成为投资热点。因此，全国性的新农村建设项目应该是多热点，各个地方应集中在短时间内通过公共投资优先解决严重制约农村发展和农民生活改善的瓶颈因素。
每个地方新农村建设的投资热点应由谁说了算？借鉴国外比较成功的做法，应由农民或者农民组织说了算。新农村建设项目的确定应由下而上逐级申报，基层申报时应充分发挥民主管理的优越性，代表大多数农民利益。这样，不但保证项目建设的有效性，还能调动农民参与新农村建设的积极性。农民迫切需要建设的项目，建成后一定对农民最有利。同时，考虑到现阶段国家不可能完全承担起农村公共投资的全部职责，如果能够发挥政府投资的引子作用，政府发放一袋水泥，就能兴修一段等级路，这有什么不好呢？
政府投资和农民建设二者关系是制度设计的一项极其重要内容，必须界定清楚农民负担和农民自愿投入的区别。政府花比较少的钱，农民自愿利用富余劳动力和当地的材料，开展基础设施建设，自己尽早受益，尽快脱贫致富，不应作为加重农民负担。政府投资和农民建设二者能否形成互动关系，关键在于能否设计出激励约束机制。韩国经验表明，只有建设好的项目，农民才能不断得到政府追加的投资，最终确保新农村建设取得实效。
谁来新农村建设?是农民，还是政府，或者是第三者？尽管新农村建设的主体可能是农民，但是，新农村建设投资的主体则不完全是农民。新农村建设没有农民参与，就不可能建设好。韩国和日本在工业化发展一定阶段后开展的新农村建设中，多数项目建设都是以农民为主而推动的。我国在新农村建设试点比较成功的一些地区也都发挥了农民主体的作用。
农民是新农村建设的主要直接受益者，理应是建设的主体。但是，建设主体不一定是投资主体。改革以来，我国农民收入虽然大幅度增加，但农民整体上收入水平还比较低，1998年以来农民收入长期徘徊，城乡居民收入差距不断扩大，农民不具备经济上的投资能力。
新农村建设需要大量公共投资。尽管在现阶段条件下，可以考虑在新农村建设中引入市场机制，吸引社会资金来建设新农村，但是，新农村建设的基础设施，如道路、通讯、能源、用电用水、公共卫生和活动场所、垃圾粪便的无害化处理，新农村建设的教育、卫生、文化、体育等事业的发展，普遍属于公共品和公共服务性的，缺乏市场盈利性，因此，应由政府为主来投资建设。
从全国来看，各级政府是新农村建设的最重要投资主体，但对于不发达地区，则应主要通过中央财政转移支付以增强中西部地区建设新农村的投资能力。无论是地方政府投资，还是中央政府投资建设新农村，在财力相对有限的情况下，关键要确保投资的有效性。要做到这一点，在投资下达前应创新思维，突破现有制度的局限，设计出有效制度和机制来。
