合理费用，是指纳税人在转让财产过程中按有关规定所支付的费用，包括营业税、城建税、教育费附加、资产评估费、中介服务费等。而有价证券的财产原值，是指买入时按照规定交纳的有关费用。
需要注意的是，在计算缴纳的税款时，必须提供有关合法凭证，对未能提供完整、准确的财产原值合法凭证而不能正确计算财产原值的，主管税务机关可根据当地实际情况核定其财产原值。
例如，2007年国美电器宣布，在香港上市的国美电器控股有限公司，通过银行以委托贷款给独立第三方的方式，得到大中电器独家管理与经营权。收购价格为 36.5亿。大中电器股权持有人张大中透露，正是由于大中电器被国美电器收购，其所持股权进行转让，向北京市地税局一次性缴纳个人所得税达5.6亿元，并得到了市地税局向他开具的个人所得税完税凭证，成为国内一次性缴纳个人所得税最多的纳税人。
(一)印花税
1、财政部、国家税务总局对上市公司股票转让所书立的书据怎样征收印花税作出了专门规定。2008年4月，经国务院批准，财政部、国家税务总局决定，从2008年4月24号起，调整证券 (股票)交易印花税率，由现行千分之三调整为千分之一。即对买卖、继承、赠予所书立的A股、B股股权转让数据，由立据双方当事人分别按千分之一的税率缴纳证券交易印花税。
二、股权转让中存有争议的税收问题
现有股权转让税收政策适应国家经济建设形式的要求，但是，当前大量股权转让的税收案例多从营业税角度进行股权转让税收策划，特别是利用《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)进行合理避税，进行股权转让税收策划。
(一) 以财税[2002]191号规定，纳税人对拟准备销售的不动产或转让的无形资产，可以采取先投资入股(本文所指的投资方式均指参与接受投资方利润分配、共同承担投资风险的行为)，然后再进行股权转让，即可轻易逃避税收。比如A公司拟出售新开发的一幢大楼，这幢大楼开发成本及费用总计1000万元，经评估，市场价格为1800万元。B公司有意购置这幢大楼用于开办酒店。正常操作步骤是A公司以市场价格1800万元销售这幢大楼，B公司以1800万元买入。此时，A公司销售不动产应纳的税金及附加为(不考虑计算土地增值税、印花税)：
按"销售不动产"税目依5%的税率计算缴纳营业税 1800×5%=90(万元);应纳城市维护建设税90×7%=6.3(万元)，应纳教育费附加90×3%=2.7(万元)，应纳地方教育费附加 90×1%=0.9(万元)，共计9.9万元。综上计算，即A公司销售该幢大楼需要缴纳99.9万元的营业税及附加。
但是如果A公司以这幢大楼作价1800万元投资参与B公司经营，并拥有B公司的一定股权。之后，A公司再把B公司中所拥有的股权以1800万元的价格转让给B公司，用于B公司开办酒店使用。根据财税字[2002]191号文件规定：以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担风险的行为，不征收营业税;对股权转让不征收营业税。因此，A公司转让大楼取得销售收入，通过投资再转让股权方式，将应纳税化于无形中，不用缴纳销售不动产的营业税及附加。
(二)同样，本文山东胜利股份公司关于转让青岛胜通海岸置业发展有限公司部分股权案例分析也可看出，山东胜利股份公司的子公司青岛胜通海岸置业发展有限公司在四方区进行填海造地大约2700亩。如建成后直接卖地，需缴纳营业税及附加、企业所得税、土地增值税、印花税。而通过股权转让，营业税及附加、土地增值税不需缴纳。
(三)通过以上案例可以看出，目前以及今后一段时间内，在房地产行业繁荣的时期，有许多房地产项目销售或土地使用权的转让行为，可通过类似操作办法步骤，将造成有这部分税收流失现象。
由此可见，股权投资及股权转让的税收存在法律漏洞，如何及时堵塞税收漏洞，关掉可能造成税收"流失阀"，成为每名税务工作者需要研究的一个课题。同时，在对股权交易进行税收制度制定的过程中，如何做到征税合理，充分发挥市场的调节作用;如何确保横向公平和纵向公平，保护市场主体的积极性，仍然是当前税务机关需要着力解决的问题。
