该制度的设置为企业公司注册资金的灵活使用及经营活动创造了法律上的有利条件。但弊端也是突出的，那就是新设立的公司，注册资金未到位引起的法律问题较严重，可以说是燃眉之急。该问题已摆到公司法修改立法议程上。
未出资的公司从事百万以上的买货交易，收到货物没有货款支付，只好等销售才付，这就轻易构成延期付款的违约责任。这仅是民事违约责任问题，若该批货款分文未付，且出现逃避债务情形，则性质已是触及到刑法规定的合同诈骗罪。从严重的程度上说，“直接登记制”成了无履行能力和无履行诚意犯罪者的温床。这是独资公司的法律问题。在民法理论上，该投资者因未在法定注册资金投入期内到位导致公司违法，则该公司对外不能享受有限责任，而是承担无限责任。
问题二：独资公司注册资金部分投入达到《公司法》规定的设立有限责任公司的标准金额。
在对外的承担责任上该投资者要承担注册资金范围内投足注册资金的义务，才能享受有限责任，这是在民法理论上，但也有违于平等的主体从事民商活动应遵循公平、平等、老实信用原则，因为该公司的经营额一次性达到注册资金或高于注册资金的额度时，该公司的兑付能力必定由于自己注册资金未投足而受到限制，导致履行无能，这是对老实履行合同相对方的损害，同样涉嫌到刑法规定，没有足够的履行能力，而签订超过履行能力的合同，骗取他人财物的，构成合同诈骗罪，此情形亦是对市场经济程序的破坏，即使事后补足注册资金也于事无补。
这在设立有限公司过程出现合资一方未在法定期间缴纳认缴的注册资金，却享有合资合同的约定的投资比例，参予决策和参予分配的怪现象。尤为突出的是，有的大型企业依合同约定占百分之六十以上的注册资金，公司注册资金额往往是亿元，当其余股东投入百分之四十即四千万元的情况下，该大型企业非但分文未到位，反而根据合资合同及公司章程，行使资金控制权和支配权，出现“没出资的控制资金，出资的控制不了资金”的怪现象。出资方为了维护合法权益，势必要求乃至诉讼要求未出资方承担未出资的违约责任，但却解除不了合同，也解散不了新设立的公司，就算是法院判决未出资方补投足注册资金，或强制将该公司的现有资产或资金转到新设立公司名下，但违约方是控股方，任意支配新设公司资产，这样，老实信用方的投资权益仍是得不到保护。虽然《公司法》目的在设立科学的现代企业制度，使公司的组织结构上划分为董事会、监事会和执行经理三部分，以达到互相制衡作用，科学治理。但在实际执行中因存在股东利益，出资股东方在董事会、监事会、执行经理名额及决策权上瓜分，最后体现的是股东之间的利益之争，而不是董事会、监事会、执行经理的有效牵制关系，达不到制度设置目的。
出资不到位是由于出资方出于经济利益方面考虑而改变投资方向，或者是根本就没有注册资本金，总之都是不老实信用的体现，是违约违法行为，是对公司法人制度的破坏，对公司主体参与市场经济程序的严重扰乱，弊端显而易见。因其侵害到了其他股东的合法权益，侵害公司职工的合法权益，侵害了公司债权人的合法权益。
解决问题的方法就是通过立法，赋予股东、职工、债权人更多的救济手段，以最大限度保护相关方面的合法权益。
1、立法明文规定公司章程包括的内容，涵盖合资合同全部内容，即合资合同作为章程的前置部分，公司的股东只要在章程上签了字，就意味着合资合同被章程所取代。
2、立法明文规定公司的决策权以实际出资到位为获得决策权的先决条件。决策权是有可变性的，比例由实际出资除于实际出资到位总额。以此公平合理维护出资股东的合法权益。保证公司正常运作，维护公司职工利益。
3、章程中明确规定出资股东享有决策权，对未出资股东的权利包括股东决议的法定期内出资实际到位数为基数的三分之二决策权通过，就可修改公司章程，减少注册资金，将未出资的股东除名，办理工商变更登记，并可以追究未出资股东的民事责任，或可以选择行使诉讼权要求强制未出资股东资金到位。
以上几点可以解除合资或联营合同设立公司中，有某一方未出资而又享有公司决策权，干扰公司活动的行为。
(立法增设1-3，目的是消除合资公司注册资金未到位，实际出资到位方既不能解除合同，又不能变更注册资金，更不能选择经营者，充分享有决策权的法律问题)。
4、明确约定公司债权人职工对未出资股东享有直接追偿的权利。
(立法设置中，目的是为了充分保护善意债权人、公司职工的合法权益，便于行使债权请求权)。
5、明文规定工商行政治理部门对涉及公司注册资金变更、股东变更，股民权变更，只要实际注资权三分之二以上股东决议就可办理相应变更手续。
6、对独资注册资金未投入或未投足的，债权人或职工对该独资公司的出资人享有追偿权，该出资人应承担无限责任。
鉴于“直接登记制”已较早于准则主义制“及”审批主义制“之前，其利弊并存，为有利于公司制度之完善，以上立法思考有必要纳入公司法的修改范围，以充分实现《公司法》体现的保护公司、股东、债权人和职工相关合法权益之宗旨。
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