（1）计算机代替手工填制记账凭证是相当容易的，并且比手工制作的凭证更规范、效率更高。但是难以给查帐和审计工作提供可靠的依据。为了解决这一矛盾，可以先由计算机填制输出记账凭证，然后由有关经办人确认后签名或盖章，无签名或盖章的视作无效凭证，不得进行帐务处理。设置主辅操作员进行两次输入，仅仅是为了防止数据输入时错误，对于原始凭证与记账凭证中的差错却无法校正，连事后控制的作用也发挥不了。因此，可直接由主办会计根据审核无误的原始凭证操作计算机制作记账凭证，并将数据存入一个临时数据库中，以便调出修改。同时应对输出的记账凭证确认后签名或盖章，然后交稽核员稽核。对于审核无误的记账凭证，稽核员交出纳进行收、付款，并操作计算机将主办会计存入临时库存中的凭证数据转入正式数据存中，以便进行帐务处理。
（2）电算化可以大大提高会计工作效率和会计工作的水平。但是，不能以此代替原手工会计处理中已建立起来的内部控制制度和管理制度，同时，还应加强对电算化系统的管理，这是会计系统安全、正常运行的前提。要明确系统管理人员、维护人员不得兼任出纳、会计工作，任何人不得利用工具软件直接对数据库进行操作。程序设计人员还应对数据库采用加密技术进行处理，严格按会计电算化系统的设计要求配置人员，健全数据输入、修改、审核的内部控制制度，保障系统设计的处理流程不走样变型。
（3）对会计电算化进行内部控制，主要是对存取权限进行控制。设多级安全保密措施，系统密匙的源代码和目的代码，应置于严格保密之下，从计算机系统处理方面对信息提供保护，通过用户密码口令的检查，来识别操作者的权限；利用数值项防用户利合法查询推出该用户不应了解的数据。操作权限（密级）的分配，应由财务负责人统一专管，以达到相互控制的目的，明确各自的责任。
