我国民事诉讼法第八十八条规定：“调解达成协议，必须双方自愿，不得强迫。调解协议的内容不得违反法律规定。”调解协议性质上属于合同，按照合同法原理，当事人双方间的合同不得损害第三人的利益，如果调解协议损害了他人的利益，当然就违反了法律的规定，应当无效。
在通常的民事诉讼中，法院主持调解时，只要双方当时人达成协议，而协议内容不违反法律时，一般无需经由诉讼外主体的同意，法院就可以依照当事人的协议内容制作调解书，经送达后就发生法律效力。这是民事诉讼法处分原则的内容，也是诉讼当事人行使处分权的表现。但是在股东代表诉讼中，提起诉讼的股东在与对方达成的调解协议中处分的不是股东自己的利益，而是公司的利益，这样的调解协议就有可能损害公司的利益，比如股东由于道德风险被对方当事人所“俘获”，不以公司利益为重，在协议中随意作出妥协和让步，使公司利益受损;甚至侵害人与公司部分股东串通，让部分股东提起诉讼，然后在诉讼中通过调解达成协议，取得民事调解书，并以此阻断公司或其他股东行使诉权。在调解协议损害了公司利益时，该协议应当无效，法院不能确认其效力。所以，在股东代表诉讼程序中的调解，法院必须对调解协议的内容进行审查，只有该协议不损害公司利益时才能对这些调解协议予以确认。
对是否损害公司利益的问题，法院在审查中应交由公司来判断，即调解协议应当经过公司同意，法院才能确认。但此“公司之同意”应当由谁来作出，是公司股东会还是公司董事会?回答这一问题必然又要涉及“股东会中心主义”和“董事会中心主义”问题之争，笔者在此无意展开这一话题，只是认为所谓的“中心主义”在不同的立法模式下有不同的回答，我国公司法在有限公司中授权公司章程对股东会和董事会的权力进行“超额”规定，这也意味着我国公司中“以何为中心”很大程度上由公司章程决定，但实践中的公司很少有在章程中对其作出比较系统和成型的规定的，所以现实中的公司实践无法提供理论逻辑所需的基本资源，这也就决定了我们对前述问题无法给出确定的回答。而只能采取比较务实的立场来处理眼前的问题。笔者认为，考虑到有限公司股东与公司关系紧密、股东对公司利益也比较关注，而且公司原本可以通过直接诉讼追究侵害人的责任，但是公司由于种种原因没有行使此诉权，这不能排除公司有故意放弃权利、损害股东利益的可能，为了让公司的意思能够得到充分的体现，最大程度维护有限公司股东的利益，调解协议除了由董事会代表公司表示同意外，还应当由公司中除提起代表诉讼的股东之外的其他股东表示同意，在公司和股东全体均同意且调解协议没有其他违法事由时，法院才能对调解协议进行确认，也才能相应地制作民事调解书。实际上，在国外法例上，也有法院在股东代表诉讼和解中征求公司和其他股东意见，保证他们行使知情权和异议权，这与该案中的做法具有很大的相似性。该案中，通和cc的董事会代表公司对aa公司、bb公司与dd、富沃公司、广厦创业间的调解协议予以认可，通和cc的其他股东也书面同意调解协议，所以，二审法院依照这些调解协议的内容制作了民事调解书，确认了调解协议的内容。
