首先，纠纷涉及股东与第三人的外部关系时，应着重审查工商登记的内容。工商登记具有对善意第三人宣示股东资格的证权功能，第三人有理由依赖登记材料的真实性。即使登记内容存在瑕疵，按照商法公示主义与外观主义原则，第三人仍可以基于对该登记内容的信赖，要求工商登记的股东按登记的内容对外承担责任。但工商登记本身并无创设股权的效力，即工商登记关于股权的登记内容属证权性登记，并非设权性登记。所以，在纠纷涉及公司与股东或者股东之间时，工商登记并不作为审查的主要内容。
其次，当纠纷涉及公司与股东间的关系时，在确认股权时应着重审查股东名册的记载。股东名册具有推定效力，即在没有相反证据时，股东名册就是股东资格的证明。实质上的权利人在尚未完成股东名册登记或者名义变更前，不能对抗公司，向公司主张股东权利;公司依法对股东名册上记载的股东履行了通告、公告等必须履行的义务后，即可免除责任。当然，股东名册既然具有推定效力，那么就有被其他证据推翻的可能。如实质上的权利人虽未被记载于股东名册，但其已在公司实际享有股东权利，或其他股东对其身份予以认可的，其股东身份亦应予以确认。
再次，当纠纷涉及股东间关系时，股权确认一般应审查出资证明、股东会决议等股东实际投资及股东间关于股权安排的真实意思表示等相关事实。但值得注意的是，尽管出资证明或出资的事实往往是股东证明其出资的主要证据之一，但股东未实际出资或出资不足的，是否必然否定其股东资格呢?新公司法第二十八条第二款规定：“股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。”从该款规定来看，股东未出资的，主要应承担补足出资的责任或者向其他股东承担违约责任，对未出资或未足额出资股东的股东身份并未予以否认。既然在涉及股东间内部关系时，出资并不是股权确认的依据，那么此时股权确认的核心依据究竟应是什么呢?笔者认为，公司是股东间合意设立的团体法人，具有高度自治性和人合性，所以在现行法律框架下应尽可能地尊重股东间关于股权安排、股权比例等问题的真实意思表示。对股权确认，亦应着重审查股东会决议等股东间关于股权问题的真实意思表示，或者根据股东实际享有股东权利、参与公司经营管理等事实行为推定出股东间关于股权问题的意思表示。
由于我国公司设立、运作的极不规范，以及公司立法存在的不足，股权确认纠纷案件成为民商事审判中的热点和难点问题之一。
新公司法虽然在此问题上有一定的突破，即在第三十三条第二款、第三款规定：“记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记;登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。”但是否就可以认为股东名册或者工商登记就是股东确认的依据呢?很显然，从文义解释的角度，上述规定并不能推出未记载于股东名册或工商登记者就不是公司股东的命题。该条规定不能作为股权确认的一般标准。
从目前的司法实践看，关于股权确认的标准问题主要倾向于采取区分的原则，即区分内部关系和外部关系，分别予以对待。
