股权代持主要存在以下三种法律关系，第一种是实际股东与名义股东之间的法律关系，第二种是实际股东、名义股东与公司之间的法律关系，第三种是实际股东、名义股东与公司外第三人之间的关系。第一种关系仅涉及两个个体，属于个人法范畴，所以如果两者出现争议，只要能证明两者存在股权代持关系，则实际股东的出资至少应从债权角度上得到确认。但问题是，股权对实际股东来讲往往比因代出资产生的债权更为重要。在实际股东要求确认股东身份的问题上，有人认为应视股权代持合同的约定，如果合同中明确约定实际股东为真正股东并享有股东权益、承担相应股东义务和责任，则应应认定实际股东为真正股东。但笔者认为，虽然股权代持关系建立在实际股东和名义股东之间，但处于对公司稳定性的综合考虑，第二种法律关系的考量变不可避免。所以，如果实际股东隐瞒身份，名义股东按照实际股东的意志出面行使股东权利，在公司和公司其他股东对实际股东对股权代持事项并不知情的情况下，为维系公司法律关系的稳定和保护其他股东的利益，不应鼓励确认实际股东的股东身份。如果实际股东虽然通过名义股东隐名，但公司和公司其他股东知悉实际股东的存在，实际股东直接行使股东权利并承担股东责任。在这种情况下，公司获其他股东因知情而丧失了为保护公司稳定性的抗辩理由，而且实际股东以其股东身份参与公司的经营事务后，已不允许公司将实际股东的人格否定，而应同样从维护公司稳定性角度承认实际股东为真正股东。由于我国尚未因入“代名人”或“股权代持”等相关概念，所以法院在处理类似纠纷中应要求公司变更实际股东为登记股东。在第三种法律关系中，保护真正权利人和保护善意第三人是一对矛盾。在这个信息纷繁芜杂的世界，要求交易者探究公司登记之外的隐名股东几乎不可能，也不利于保护交易安全，正是因此，近代民法理论才确立了善意取得、保护善意第三人、表见代理等民法基本原则。所以，当股权被名义股东擅自出让，实际股东无权以名义股东未取得其同意为由进行抗辩，同样，当名义股东因出资不实或其他原因被追讨股东责任时，也无权以自己不是实际股东为由进行抗辩。另外，当第三人有正当理由不知晓工商登记的内容并视实际股东为股东，则实际股东不得以非登记股东为由进行抗辩。
诚然，倘若隐名的目的是为了规避法律，如有些是为了享受外资优惠政策而使外国公司或个人代持中国公司或个人的股权，有些是为了回避法律的人数和行业限制，有些是为了取得税收优惠。根据合同法的基本原理，违反法律规定的约定是无效的，因此隐名股东的资格不能得到法律的认可。2004年10月太平洋保险集团在与复旦大学合作成立复旦太平洋金融学院，其后太保集团收到保监会的整改通知，为此太保集团与北京实德投资有限公司做出了相关的代持股安排。但笔者认为，因为太保集团规避了保险法规定的“保险公司不得对非保险业进行投资”的相关规定，该代持股的安排很难得到合法确认。
在早期的《人民法院案例选》、《中国审判案例要览》中曾经刊出过上海市地方法院审理的涉及确认股东权的几个案例，虽然实际股东因出资持有所谓的内部“股东凭证”，或是签署了章程、参加了股东大会，但最终因为没有履行工商登记手续或实质上没有完成法律规定的其他股东认定手续，而最终在案件中败诉。可见几年前上海市地方法院在审理类似案件中更倾向登记主义和要式主义。2004年8月5日, 北京市海淀区人民法院受理了一起由高新技术研究引发的股东权纠纷案，中科院五名老专家将与之合作的北京市依斯机电技术研究所告上法庭,要求解除双方之间的股权委托代持关系。目前此案正在进一步审理中。笔者认为，如果所投资公司的其他股东能提供证据认可五院士的真实股东身份，且五院士与被告间的合同在陈述真实股东和相关权利义务承担上清楚明确，则在不违背法律禁止性规定的情况下应认定五院士的真实股东身份。
股权代持作为一种股权处理方式无疑将继续存在下去，即使其操作结果在现阶段仍存在未知数，即使此类争议和诉讼案件仍在继续。有鉴于此，希望我国相关最高立法和司法机关尽快出台相关法律或司法解释，为股权代持的规范运作提供权威性依据。
