2006年， 新公司法的大规模修改在对中小股东的保护的立法设计上， 有了十分显著而全面的变化， 基本上实现了限制大股东权利、保护中小股东权益的制度设计。
1、“资本多数决”的例外 “资本多数决”作为公司法的一项基本原则被广泛接受，但新公司法规定：股东会会议由股东按照出资比例行使表决权;但是，公司章程另有规定的除外。简言之，如果公司的小股东有足够的谈判能力则完全可以在公司章程中约定其表决能力及分红比例而并完全不拘泥于其出资比例。
2、累积投票制度(非强制性规范) 股东大会在选举两名以上的董事时，一个股东可以投票的总数等于他所持有的股份数额乘以待选董事的人数;它可以不为董事会的每一待选董事投票，而将其总投票数投给一名或几名候选人。很显然，累积投票制使那些仅持有少量股份的中小股东赢得董事席位，从而在董事会中拥有“代言人”的希望成为可能，使中小股东在其与大股东或董事会之间发生严重利益冲突时有机会表达他们的意见。
3、表决权排除制度 公司为公司股东或者实际控制人提供担保的，必须经股东会或者股东大会决议，利害关系股东不得参与表决。
4、关联董事的回避制度 上市公司董事与董事会会议决议事项所涉及的企业有关联关系的，不得对该项决议行使表决权，也不得代理其他董事行使表决权。
1、知情权
股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，并应当自股东提出书面请求之日起十五日内书面答复股东并说明理由。公司拒绝提供查阅的，股东可以请求人民法院要求公司提供查阅。
2、质询权
股东会或者股东大会要求董事、监事、高级管理人员列席会议的，应当列席并接受股东的质询，应当如实向监事会或监事提供有关情况和资料。
3、提案权
单独或合计持有百分之三以上股份的股东，可以在股东大会召开十日前提出临时提案并书面提交董事会;董事会应当在收到提案后二日内通知其他股东，并将该临时提案提交股东大会审议。
4、股东会召集权
董事会不能履行或者不履行召集股东大会会议职责的，连续九十日以上单独或合计持有公司百分之十以上股份的股东可以自行召集和主持。
1、回购请求权的行使
异议股东股份收买请求权制度能够较好地协调各方面的利益， 一方面， 公司法仅要求获得半数或2/3多数通过即可进行重大决策， 另一方面， 赋予反对决议的少数股东以股份收买请求权， 使不愿意接受公司重大变化的股东能够在获得合理的补偿后退出公司， 从而保护了中小股东的利益。
2、决议撤销权的行使
由于股东会实行资本多数决制度，小股东往往难以通过表决方式对抗大股东。而且，在实际操作中，大股东往往利用其优势地位，任意决定公司的重大事项。对此，公司法赋予小股东请求撤销程序违法或者实体违法的股东会、董事会决议：股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。
3、解散公司请求权的行使
公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。
4、直接诉讼权的行使
董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。
5、代位诉讼权的行使
公司董事、高级管理人员侵害公司权益时，股东可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼;监事侵害公司权益时，股东可以书面请求董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。前述监事会、监事或者董事会、执行董事收到股东书面请求后拒绝提起诉讼，或者自收到请求之日起三十日内未提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害的，股东有权为了公司的利益以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
