股东名册对外不发生法律效力，股东名册只对内部发生法律效力。根据登记对抗主义原则，公司登记机关的资料具有较高的公示公信力，在涉及善意第三人时，应以工商局登记的股东信息为准，这样是为了保护善意第三人，保证交易安全。股权受让人可以要求公司办理工商变更登记，如公司无正当理由怠于办理，受让人可以提起股权变更登记之诉。
股权转让过程中所涉的股东名册登记与工商变更登记均属于确权证据，对于确认股东权权属具有重要的证据意义。但如发生两者登记内容不一致时该如何处理，此时的判断标准将关乎各方当事人的实际利益。文本旨在透过分析股权变更登记冲突的不同情形阐述处理该问题的一般原则，冀望具有参考意义。已办理股东名册变更登记，但尚未办理工商变更登记的基于股权转让协议效力的独立性，此时转让股东不得主张转让协议无效；又鉴于股东名册登记产生对抗标的公司的效力，经股东名册变更登记的受让人得以向公司主张行使股东权，因此转让股东不得以未办理工商变更登记为由向公司主张行使股东权。
但如发生善意第三人基于工商变更登记的公信力，相信公司股权结构从而通过合理对价受让标的股权且完成工商变更登记的，则可能发生善意取得制度的适用；但如第三人与转让股东恶意串通，故意损害原受让股东利益，则此时股权转让协议无效，亦不发生善意取得股权的情形。已办理工商变更登记，但尚未办理股东名册变更登记的通常情况下，标的公司在审查股权转让协议以及出资证明书的基础上完成内部股东名册变更登记。在此前提下，公司向工商行政管理部门申请办理股权变更登记。
可见，股东名册变更登记与工商变更登记原则上存在时间先后关系，因此在尚未进行内部股权登记的条件下先行完成外部登记的情形并不普遍。但是基于某些公司内部管理不规范，可能存在实际控制人掌握办理工商变更登记的印章，单方委托相关机构进行工商变更登记的情形，由此会损害受让股东的合法利益。此时受让股东得以通过行使优先购买权要求公司撤回到先前的登记状态。如发生冒名进行工商变更登记的，则经文字鉴定确认无误的，则受侵害的股权受让人得以向法院起诉要求确认工商变更登记无效并请求赔偿相应损失。
