近年来，我国加大了司法鉴定改革的力度，颁布了一系列法律法规，有效地保护了当事人的合法权益，促进了司法公正和效率。尽管如此，现行司法鉴定制度尤其是质证程序方面仍然存在一些突出的缺陷，严重地影响了司法公正的实现。
1、未明确鉴定人出庭的义务。鉴定人出庭参加质证是确定鉴定结论证明力的必要条件。而民事诉讼法第72条规定，“鉴定部门和鉴定人应当提出书面鉴定结论，在鉴定书上签名或者盖章”。第125条规定，在开庭审理中，“当事人经法庭许可，可以向证人、鉴定人、勘验人发问”。这里只是隐含着鉴定人应当出庭，但没有明确规定鉴定人出庭的义务及其不出庭的法律后果，未将鉴定人出庭作为确定鉴定结论法律效力的必要前提。随后，最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》(2001年12月21日颁布，以下简称《民事证据规定》)第59条规定，“鉴定人应当出庭接受当事人的质询。鉴定人确因特殊原因无法出庭的，经人民法院准许，可以书面答复当事人的质询”。这里尽管明确规定了鉴定人如果没有特殊原因，就应当出庭，但由于没有规定鉴定人拒不出庭的法律后果，这样的规定并没有多大的实际意义。鉴定人不出庭，鉴定结论本身无法直接回答任何质证和疑问，一是从实质上剥夺了对方当事人的质证权，鉴定结论往往成为只需宣读而毋庸质证的优势证据，法官对鉴定结论的采信也处于随意状态;二是引发重复鉴定，只要对方当事人不认可此结论，就必然发生是否申请重新鉴定的问题，鉴定结论的质证也就演变成了“是否申请重新鉴定”的简单问话。由此重新鉴定周而复始，却始终无法令法官对其权威性、科学性形成内心确信。
2、未规定鉴定结论开示程序。即使鉴定人出庭作证，在质证阶段对方当事人也很难针对鉴定结论的内容进行真正的辩驳和质疑。鉴定结论在庭审前往往是保密的，只有在庭审时才出示或宣读，对方当事人显然难以当庭对鉴定结论进行质疑或反问。如当事人在庭审时不服，则只有通过重新鉴定来解决，这不仅延长了诉讼周期，而且使得庭审质证徒具形式外壳，不具有实际意义。
3、我国民事诉讼中确立的是询问和有限的交叉询问方式。民事诉讼法第66条规定，“证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证”。第125条第2款规定，“当事人经法庭许可，可以向证人、鉴定人、勘验人发问。”《民事证据规定》第50条规定，“质证时，当事人应当围绕证据的真实性、关联性和合法性，针对证据证明力有无以及证明力大小，进行质疑、说明与辩驳”。但如果鉴定人不出庭，该项程序自然会形同虚设;即便鉴定人出庭作证，质疑鉴定结论的当事人因为欠缺专门知识，难以同持有鉴定结论的当事人相抗衡，无法就鉴定结论展开实质性辩论，质证程序仍然会异化为单方当事人及其鉴定人的独角戏，由于没有真正意义上的对抗，这种质证并无多少实质意义。这样的庭审既难以对鉴定结论的科学性和鉴定人的权威性作出准确的审查，容易导致冤假错案，又难以让当事人对鉴定人的公正性和鉴定结论的科学性加以信服，对法庭审理的公正性造成极为消极的影响。当鉴定结论无法让诉讼一方信服时，其或者申请重新鉴定，或者进行无休止的申诉、上访，不能服判息诉。
