首先，在立案和审判过程中，确定民事案件案由，只能适用2008年4月1日起施行的，由最高人民法院颁布的《民事案件案由规定》，不得擅自编造案由，如自定“欠款纠纷”作为案由，这是准确的，也是不严谨的。如果出现应当规定为新的第三级或第四级案由，可以及时层报最高人民法院，由最高人民法院整理、筛选、补充相关的案由。
其次，一审法院在立案和审判过程中，应当根据诉争的民事法律关系的性质或依据确认之诉、形成之诉的标准，先从《民事案件案由规定》列出的第四级案由中选择；第四级案由没有规定的，依次类推，则适用第三级案由；再没有，则可以直接适用第二级案由，直至第一级案由。
再者，同一诉讼中，涉及两个以上的法律关系，属于主从关系的，应当以主法律关系来确定案由，如金融借款合同及担保合同纠纷案件，应以主法律关系即金融借款合同法律关系来确定；但当事人仅以从法律关系起诉的，则以从法律关系来确定案由；不属于主从法律关系的，则按诉争的两个以上民事法律关系确定并列的两个案由。
此外，当事人在诉讼过程中增加或变更诉讼请求，导致当事人诉争的民事法律关系发生变更的，则应当相应地变更案件的案由。
还有尚要注意的，对一审人民法院认定的法律关系，确定的民事案件案由是错误的，第二审人民法院应当根据当事人诉争的民事法律关系的性质，予以纠正，重新确定案由。
