崇德元年(1636年)三月初六,文馆改为内国史院、内秘书院、内弘文院,亦称内三院。范文程被任命为内秘书院大学士,职掌撰写与外国往来书札,掌录各衙门奏疏、辩冤词状、皇上敕谕、文武各官敕书并告祭文庙谕、祭文武官员祭文。范文程之世职亦进为二等甲喇章京,越来越受皇太极的宠信,皇太极每次商议军国大事,都要听取他的意见。宣谕各国的敕书,都出自他的手。范文程感恩图报,殚心竭力,操劳国事,先后疏言废除连坐法,奏准更定部院官制,六部各设满洲承政一员,下置左右参政、理事官、副理事官、额者章,荐举邓长春、张尚、苏弘祖等人为吏部参政、户部启心郎。
崇德六年(1641年)三月,皇太极知悉睿亲王多尔衮等王公统军围攻锦州时,离城远驻,又私自派遣部分官员兵丁返家,以至于明朝守兵得以出城运粮入内的事后勃然大怒。遣内大臣昂邦章京图尔格、固山额真英俄尔岱和内院大学士范文程、希福、刚林等,讯问多尔衮如此办理的原因,并下谕严厉斥责主帅多尔衮和同在军营的肃亲王豪格、饶余贝勒阿巴泰、安平贝勒杜度、公硕讬等人。图尔格、范文程等传达皇太极谕后,多尔衮等承认罪过。图尔格、范文程等人向皇太极奏报其中的缘由,皇太极更为恼怒,命他们谕令多尔衮等自议其罪。多尔衮自议死罪,豪格也上奏死罪,杜度、阿巴泰削爵为民,全部没收户口奴仆,从征将领三十余人分别议死、革职、籍没。三月二十二日,图尔格、范文程等将此情奏报,皇太极予以宽减,降多尔衮、豪格为郡王,分别罚银一万两、八千两并夺二牛录、一牛录,其余的人都罚银。第二天,多尔衮等人都到议政衙门,皇太极命大学士希福、范文程等将他们逐出议政衙门。
崇德八年(1643年)八月初九日,皇太极去世。十四日,诸王贝勒大臣议定,立皇太极之第九子福临为帝,以郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮辅理国政。二十六日,举行新皇帝登极大典,颁诏大赦,改次年为顺治元年。福临被推为新君,是八旗贵族内部各派激烈争斗的暂时妥协。福临继位以后,这一斗争仍在进行。八月十六日,郡王阿达礼、贝子硕讬向郑亲王济尔哈朗、礼亲王代善、睿亲王多尔衮游说,谋立多尔衮为君,代善、多尔衮告诸王贝勒,遂以扰政乱国的叛逆罪,将阿达礼、硕讬处死,籍没其家。范文程原是红旗硕讬的属下人员,此时被拨入镶黄旗。范文程刚刚避免了因主硕讬乱国而险遭不测之祸,不久又遇到了新的麻烦。摄政王多尔衮之亲弟豫郡王多铎欺负范文程,抢夺范文程之妻,经过一番周折,才得到解决,诸王贝勒审实后,决定罚多铎银一千两,夺其十五个牛录。范文程虽然化险为夷,遭受妻室被霸之灾祸,但仍不免忧心忡忡。多铎乃一旗之主,贵为亲王、郡王,又系摄政王多尔衮之同母亲弟,日后是否会舍此不究。万一追念前怨,范文程恐难免灭门之灾了。尽管身遭故主被戮、爱妻险被欺凌之双重危难,范文程仍以大局为重,在清朝入主中原这一紧急关头,献计献策,立下了殊勋。