1、《马克思的货币、信用和银行理论》,中国金融出版社,1993年。
2、《人民币区域化问题研究》,光明日报出版社,2009年。
3、《经济科学的数学化趋势浅议》,《经济研究》,1986年第7期。
4、《试论自然科学和社会科学一体化的趋势》,《马克思主义研究》,1987年第2期。
5、《关于经济科学学科分类问题的探讨》,《马克思主义研究》,1989年第3期。
6、《试论马克思货币理论的形成和发展》,《金融科学》,1990年第1期和第3期。
7、《从诺贝尔经济学奖评奖看中国经济理论研究》,《经济学动态》,2003年第12期。
8、《论创新是经济学者的基本价值观——兼论"独创"是成就大师级经济学家的必备条件》,《经济学动态》,2005年第6期。
9、《论现代经济科学的发展趋势》,载《中国经济学向何处去》,经济科学出版社,1997年。
10、《对我国国有银行实行股份制改革的思考》,载《著名经济学家读中国经济改革》,工商出版社,2001年。
11、《耕耘与探索——邱兆祥经济金融理论文选》,中国财政经济出版社,2009年。
12、《学科建设与人才培养——经济金融学科建设问题研究》,中国金融出版社,2012年。
13、《在学术高地上攀登——金融理论问题探索集》,中国金融出版社,2012年。
14、《对在我国发展民营银行问题的若干思考》,《经济参考报》,2003年9月17日。
15、《论经济学家的人文精神》,《中国经济时报》,2007年9月17—18日。
16、《关于国内大城市争当金融中心的若干思考》,《金融时报》,2008年9月1日。
17、《经济学博士生的创新能力从何而来》,《光明日报》,2009年8月12日。
18、《论学术创新与人才培养》,《人民日报》,2011年10月27日。
19、《非宁静无以致远——对我国金融理论研究现状的思考》,《光明日报》,2012年5月4日。