我国执业药师实行注册制度，取得执业药师资格的药学人员，经执业单位同意，并按规
定完成继续教育，到执业单位所在省级执业药师注册机构办理注册手续。取得《执业药师注册证》后，方可以执业药师身份执业。凡持有《执业药师资格证书》而未经注册的人员，不得从事执业药师执业活动。
国家食品药品监督管理总局为全国执业药师注册管理机构，各省级食品药品监督管理部
门为本辖区执业药师注册机构。执业药师应当按照执业类别、执业范围、执业地区到执业单位所在省级执业药师注册机构进行注册。执业类别为药学类、中药学类、药学与中药学类;执业范围为药品生产、药品经营、药品使用。机关、院校、科研单位、药品检验机构不属于执业单位，不予注册;执业地区为省、自治区、直辖市。
执业药师只能在一个执业药师注册机构注册，在一个执业单位按照注册的执业类别、执
业范围执业。如执业范围为药品经营，则需在《执业药师注册证》上注明药品经营(批发)或药品经营(零售);如注册在零售连锁企业，则应在《执业药师注册证》上注明药品经营(零售)，注册的执业单位应当明确到总部或门店，执业药师应当在其注册的执业单位执业。
(2)注册条件
申请注册的执业药师，必须具备以下条件：①取得《执业药师资格证书》;②遵纪守法，遵守职业道德;③身体健康，能坚持在执业药师岗位工作;④经执业单位同意。此外，再注册时，还应有继续教育学分证明。首次注册在取得执业资格证书一年后申请的，除按首次注册提交材料外，也应提交继续教育学分证明。
有下列情形之一的申请注册人员，不予注册：①不具备完全民事行为能力的;②因受刑
事处罚，自刑罚执行完毕之日到申请注册之日不满2年的;③受过取消执业药师执业资格处分不满2年的;④国家规定不宜从事执业药师业务的其他情形的(主要包括：甲、乙类传染病传染期、精神病发病期等健康状况不适宜或者不能胜任执业药师业务工作的)。
(1)首次注册与再次注册
执业药师首次(再次)注册应填写《执业药师首次(或再次)注册申请表》，并按要求准备相关材料，交执业药师注册机构办理注册手续。注册机构在受理申请人的注册申请材料时，对于申请材料存在可以当场更正的错误，应允许申请人当场更正;对于申请材料不齐全或者不符合规定形式的，应当场(或者在5个工作日内)一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到注册申请材料之日起即为受理，并于20个工作日内做出是否注册的决定，特殊情况可延长10个工作日。对于不予注册的，需注明原因及日期，并向申请人出具加盖本注册机构专用印章的书面通知。准予注册的，颁发《执业药师注册证》。
执业药师注册有效期为三年。持证者须在有效期满前三个月到原执业药师注册机构申请
办理再次注册手续。超过期限，不办理再次注册手续的人员，其《执业药师注册证》自动失效，并不能再以执业药师身份执业。办理再次注册时，同时变更执业单位的，须提交新执业单位合法开业证明。
(2)执业药师注册网上申报办理程序
为贯彻落实《行政许可法》提出的转变政府管理模式，建设公正透明、廉洁勤政、高效便民的政府，实行政务公开、阳光审批，提高行政效能和政府公信力的要求，国家食品药品监督管理部门于2008年1月运行执业药师注册管理网络信息系统，实现执业药师注册行政许可项目的网上申报、网上审批、网上公告、网上监督。
执业药师注册网上申报办理程序是：执业药师登录国家食品药品监督管理总局执业药师
注册网络服务平台(网址：http：//zyys.sfda.gov.cn/zyysweb/index.jsp)->网上填写个人基本信息一一>网上修改登录密码一一>网上填写申报表一一>网上提交申报一一>网上打印申报表一一>携带审核材料到执业单位所在地注册机构进行审核一一>网上查询审核状态一一>网上注册许可公告一一>到注册机构领取证书。
