自建房被行政管理部门拆除或当事人自行拆除以前，自建房权利人基于建筑物材料的合法所有，以及对自建房实际占有的事实，在一定范围内享有支配建筑物和受法律保护的权利。
首先看案例一。我国合同法第五十二条规定“违反法律、行政法规的强制性规定”的合同无效。《关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律的问题》第二条规定:“出租人就未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定建设的房屋，与承租人订立的租赁合同无效。”合同无效的法律后果是:“当事人请求参照合同约定的租金标准支付房屋占有使用费的，人民法院一般应予以支持。”许某将自建房无偿出借给陈某使用，该借用合同亦属无效，陈某应将基于合同使用的房屋返还给对方;许某将自建房借与他人使用主观上存在过错;陈某明知自建房仍愿意借用，表明其愿意承担风险，双方均有过错。不论根据占有的基本原理还是根据合同无效的规定，陈某都该将借用的自建房返还许某。法院认定自建房非法的属性正确，但是以此为由不确定该自建房的归属缺乏法律依据。
再看案例三。案件的起因还是案例一中的自建房。法院保护了陈某对违章建筑的占有和相关权利，因此她在自建房内的物品才因对自建房享有使用权而受到法律保护，否则她的财产与放在任何公共场所无异。笔者认为，法院判决许某拆除自建房需支付陈某另外租房费用适用法律错误，此案已经向法院提出抗诉。
法院在审理自建房侵权案件中有自由裁量权，请看案例四。申诉人焦某认为法院认定其自建房造成相邻王某的墙体受潮缺乏证据，申请对墙体损害原因进行技术鉴定。笔者认为，不动产相邻关系的纠纷，并非必须经过专业机构进行鉴定才能认定损害原因。法官经过现场勘验及生活常识，能够划分相关各方责任;且法院只判决拆除贴近王某墙体的部分，保留了其他自建房屋，检察机关不必抗诉。
总之，判定拆除自建房应该根据客观实际，应以不影响他人正常生活为标准，未必需要全部拆除，至于自建房的违法性审查，可以由相关行政部门进行干预，而不必全部通过民事审判予以制裁。
自建房是一种物，自然可能受到侵害。这类案件应以物权法规定的占有制度为审查依据，运用占有的理论对当事人各方的权利义务进行合理分配。但是物权法对占有制度规定得极为原则，以至于连占有的定义都未曾作出，给司法实践带来不便。只有在法院审判和检察机关审查案件时统一标准，确立占有的基本制度，才会减少涉自建房案件审理中相互矛盾的现象;即使出现某些细节方面的认识差异，也不会形成权利归属的重大差别。因此，笔者期待物权法司法解释出台后，能给予司法实践者更为清晰的法律依据。
