科学发展观的第一要义是发展，离开发展，就无所谓发展观。坚持科学发展观，其根本着眼点是要用新的发展思路实现更快更好的发展。对于经济社会发展是如此，对于《环境保护法》的修改也是如此。
《环境保护法》的修改，应当以树立和落实科学发展观，以实行可持续发展为主题，统筹人与自然和谐发展，处理好经济建设、人口增长与资源利用、生态环境保护的关系为核心，贯彻污染防治和生态保护并重的方针，以控制污染物排放总量为主线，以防治重点区域的环境污染和遏制人为生态破坏为重点，以改善环境质量和保护人民群众健康为根本出发点，以建立政府主导、市场推进、公众参与的环境保护新机制为手段，全面统筹经济、社会、环境的协调发展，推动整个社会走上生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路为根本指导思想。
《环境保护法》施行的实践证明，现行法是一个比较符合我国基本国情的比较好的法律，它的基本原则和基本制度在总体上是行之有效的，应当保持其名称和基本框架的稳定。
在修改过程中应当遵循下列基本原则：坚持社会主义法制的统一，以宪法为根据，并与有关环境、资源、生态保护的法律相衔接。这几年，宪法增加了关于“国家实行社会主义市场经济”、“国家保护个体经济、私营经济的合法的权利和利益”、“国家尊重和保障人权”等条款。修改《环保法》必须贯彻执行宪法的有关规定，并认真研究根据制定的其他有关环境、资源、生态保护法律的基本原则、基本制度，本着该统一的问题必须统一的原则，对《环保法》必要的修改和补充。
坚持改革和发展与法制建设的统一，深入总结吸取实行社会主义市场经济条件下环境保护工作的基本经验。这几年，全国环境保护实行了四个转变：环境与经济“两张皮”向“双赢”的转变，污染防治由末端治理为主向依靠经济结构调整和企业清洁生产的转变，由单个企业污染治理向区域环境综合整治的转变，由以污染防治为主向污染防治与生态环境保护并重的转变。反映在环境政策上，也正在发生四个转变：政策的制定由单纯的环保决策向环境与发展综合决策转变，政策的内容由污染防治为主向加强生态保护转变，政策的重点由点源治理向区域、流域综合治理转变，政策的手段由以行政手段为主向综合运用法律、经济、技术和必要的行政手段转变。
修改《环保法》应该把这些成功的经验用法律形式确认下来，并对经济社会可能带来的新的环境问题用法律手段加以预防和制约。坚持从实际出发，统筹基本法与单行法的功能划分，正确处理全局与局部、重点与一般、需要与可能等三个关系，从全局利益出发，突出重点，量力而行，科学合理地规定公民和组织的权利和义务、国家机关的权力和责任，健全与我国基本国情和经济社会发展水平相适应的环境保护的基本原则和基本制度，针对新世纪新阶段环境保护中现实和潜在的主要问题，对现有的原则和制度进行必要的调整、充实。坚持科学民主决策原则，防止主观主义、形式主义和官僚主义，充分发挥领导、智囊团、专业人员、管理干部和公众参与的作用，尊重和发挥集体的智慧，实行择优决策，实现立法计策的民主化和科学化。坚持创新与借鉴相结合，在实行政府控制与市场机制相结合的条件下，进行政策创新和体制创新的同时，注意吸取世界上其他国家在环境保护中的经验教训和立法经验，并注意与我国缔结和参加的与环境保护有关的国际条约相“接轨”。
科学发展观是在全面深入分析国家前进道路上存在的困难和问题的基础上提出的，以正确解决经济社会发展中的突出矛盾和突出问题，推动经济社会全面、协调、可持续发展。为保障国家环境安全，推进可持续发展，必须着力解决污染负荷高、排放强度大、生态恶化加剧、新的环境问题日渐突出、群众利益受损等突出矛盾和突出问题。
