这本书继续讲述了哈利波特在霍格沃茨魔法学校的学习生活。
暑假中，卢修斯·马尔福的家养小精灵多比警告哈利波特说若哈利回学校上课那么会处于非常危险的境地，不过哈利没有理睬这个警告，并努力恳请多比不要使用魔法。
德思礼一家把哈利当作罪犯，把他锁起，直到韦斯莱一家用飞天汽车把他解救出来。
哈利和他的好朋友罗恩·韦斯莱度过了一个愉快的暑假。返校的日子到了，韦斯莱一家来到车站，但是哈利和罗恩无论如何都无法进入停靠着霍格沃茨特快火车的九又四分之三站台，无奈之下，他们只好驾驶飞天汽车去学校。
不过，他们在学校着陆时坠毁，人员没有伤亡，汽车却报废了，罗恩的魔杖也被折断，损坏了。
有三个人引起了哈利的注意:新的喜欢虚荣的黑魔法防御术老师吉德罗·洛哈特、喜欢摄影的科林·克里维、一直仰慕哈利的的可爱女孩--罗恩的妹妹金妮·韦斯莱。
当密室打开之后，学校里面变得一团糟，袭击事件接连发生，有些学生竟被变成了石头，凶手是谁一直无法查出。
相传，学校创办人之一萨拉查·斯莱特林曾经在学校里面建造了一个隐藏的密室，只有他或者斯莱特林的继承人才知道如何并可以进入，这个密室是为了清除学校中血统不纯的学生而建造的。
一时间，人们纷纷认为哈利波特是斯莱特林继承人，是凶手，尤其是哈利是一个蛇佬腔(可以和蛇说话，而蛇正是斯莱特林的象征)之后，大家更是这么认为。
而整个故事的主线就是，哈利、罗恩、赫敏三个人寻找密室的入口和真正的斯莱特林人。
