昼夜均外出活动,但以清晨和傍晚最为频繁。虽然身躯较大,但行动却很灵活,不仅善于在水中游泳,也能攀附矮树。
食物可以根据不同环境下所有的食物加以选择,能在水中捕食鱼类,也可爬到树上捕食鸟类、昆虫及鸟卵,此外也吃蛙、蛇、鸟、各种动物的卵、鼠及昆虫等,偶尔也吃动物尸体,还时常爬到村庄里偷食家禽
巨蜥性好斗,较凶猛,遇到危险时,常以强有力的尾巴做武器抽打对方。巨蜥在遇到敌害时有许多不同的表现,如立刻爬到树上,用爪子抓树,发出噪声威吓对方
一边鼓起脖子,使身体变的粗壮,一边发出嘶嘶的声音,吐出长长的舌头,恐吓对方;把吞吃不久的食物喷射出来引诱对方,自己乘机逃走等等。但更多的时候,是与对方进行搏斗
通常将身体向后,面对敌人,摆出一副格斗的架势,用尖锐的牙和爪进行攻击,在相持一段时间后,就慢慢地靠近对方,把身体抬起,出其不意地甩出那长而有力的尾巴,如同钢鞭一样向对方抽打过去,使其惊慌失措而狼狈逃窜,甚至丧身于巨蜥的尾下
如果对方过于强大,它就爬到水中躲避,能在水面上停留很长时间,所以在云南西双版纳,当地的傣族同胞都叫它“水蛤蚧”。