金融机构总部，代表了资本、技术等高端资源的集聚。近年来，为了引进、培育、发展金融机构总部，地区之间竞争激烈，各地依据金融机构总部的不同类型，相继出台了一系列财税优惠政策。对于金融机构总部的不同经营管理行为，如购地建房、购房、租房等不同的用地用房行为，自我培训人才、引进人才、设立博士后科研工作站等不同的用人行为，给予不同方式的财税支持；对特殊的金融机构总部则给予更加优惠的财税待遇，如深圳市2008年规定，对该市希望重点引进的金融机构总部，可以相应适度提高奖励额度，上海市2009年提出，对完善该市金融机构体系有重要作用的金融机构总部，可以给予专项扶持政策。
在扶持金融机构总部发展的财税政策方面，各地综合采用政府奖励、财政补贴、税收返还、税费减免等财税支持政策手段，其中各种政策手段又有一次性、分期分批等多种形式，并以专项资金等形式，保证支持金融机构总部发展的财政资金来源，初步建立了有关各级政府之间的相关财政资金分担机制。
但金融机构总部财税政策仍存在不少问题，亟需进一步完善。比如缺乏国家层面的财税支持政策、存在过度优惠现象、适用范围偏窄、对长期实际政策效果关注不够等等。除了具有普适意义的允许总部企业汇总纳税等便利性政策措施外，目前与金融机构总部直接相关的国家层面的财税支持政策几乎没有。即使在上海建设国际金融中心、巩固和提升深港地区在全球金融竞争中的地位的情况下，对沪深两地的金融机构总部也没有明确的国家级针对性财税支持政策。这种国家层面的政策“缺位”，导致了地方政府主导金融机构总部财税政策的局面，并因此增加了地方政府在这方面各自为政，从而无序竞争的可能性。
随着金融业和区域经济的深入发展，笔者认为，当前可从三个方面来进一步优化、完善财税政策，扶持金融机构总部发展。
首先，国家应从培育金融业增长极、促进区域经济发展的角度出发，对于金融机构总部集聚程度较高的城市，给予明确的财税支持政策。当前，比较可行的是配合上海建设国际金融中心、巩固和提升深港地区在全球金融竞争中的地位的战略规划，首先给予沪深两地专项税收优惠政策。金融业税制方面目前的突出问题是其营业税税率偏高，金融业营业税税率为5%，而同属于第三产业的交通运输、邮电通信、文化体育、建筑安装等行业的营业税税率仅为3%。国家可以采取第一年降为4%、第二年降为3%的渐进方式，在两年内把沪深两地的金融业营业税税率降至3%，然后再根据具体情况对其他城市采取类似做法。这种做法有利于沪深两地进一步吸引、集聚金融机构，培育、发展金融机构总部，加快金融中心建设的步伐。同时，这样做，既减少了营业税税率下降带来的税收冲击，又发挥了税收的调节作用，也完善了金融业的税制。
其次，需要优化各地方政府之间、部门之间的政策协调合作机制。各地应统一规划，健全地方各级政府之间关于金融机构总部的财政支持资金合理分担机制，并减少重复优惠。另外，应客观看待财税优惠政策的促进作用，避免单纯或主要依靠财税优惠政策的支持方式，健全财税、金融、发展改革、国土资源、规划、商务、人力资源等多个部门协调联合支持金融业发展的机制。
其三，应探索建立金融机构总部发展的行业自我支持机制。金融机构集聚程度较高的城市，可以在金融业地方财税收入里提取一定比例资金，建立“金融机构总部发展基金”，专门用于培育、发展金融机构总部，完善金融机构总部体系，并主要用于支持经营绩效较好的金融机构总部，尤其注重用于支持其业务创新、员工教育培训等。
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