破产企业的现金应移交给管理人，银行存款也应全部转入管理人新开设的账户。货币资金的交接应由审计部门进一步查证账面现金余额与管理人接收的现金金额是否相符，银行存款账面余额与转至管理人账户的银行存款金额是否相符。对于不相符的情况应查明原因，如属于单据未及时入账，应搜集未入账的单据并予以补入账;如属于其他原因造成的账款不符，应按相应规定进行处理。在对货币资金项目进行审计时，还应特别注意是否存在账外小金库，如以法定代表人、会计或是经办人的名义开立的存单、存折、银行卡等。如存在，应通过询问、调查、核对等方法，对上述记录的每一笔存取金额进行辨认，将其中属于破产企业的收支款项补记入账。
审计部门应对每一笔预付、应收款项发生的内容、余额、账龄等进行逐一审计确认。对于账龄在两年以上，并且已过诉讼时效的应收款项，应结合管理人清收货款的情况，对其中确已无法收回的，可由清算组出具说明后予以冲销;对于账龄在两年以内的应收款项，可采用检查、函证或是替代程序，并结合管理人清收货款的情况予以确认。在核查预付、应收款项时，应特别关注在法院受理对该企业的破产申请前一年内，是否存在放弃债权的行为，并提请审计部门注意。必要时，在审计报告中予以披露。
由于破产企业一般都要进行审计与评估，有时还涉及到资产拍卖，为了避免相同程序的重复执行，管理人应与注册会计师、资产评估师、拍卖师一起对存货、固定资产执行盘点程序。
对于存货，可先将财务的数量金额账与仓库的数量账进行核对，对不相符的查明原因并进行调整后，再对存货进行全面盘点，将盘点结果与经调整后的财务账进行核对。由于企业已进入破产程序，正常的生产经营活动已经停止，故对于盘点结果一般不需要进行调节。对于盘点数小于账面数的，可能存在的原因有：正常损耗;因保管不善所造成短缺、毁损、被盗等;有部分存货寄存在外单位等。对于盘点数大于账面数的，应注意是否有外单位寄存在破产企业的存货以及是否有账面已作销售处理但客户单位尚未提货的情况，对盘盈盘亏情况查明原因后由审计部门进行会计处理。
对于固定资产，应根据具体情况，采取以账对物或是以物对账的方法，与审计部门、资产评估师、拍卖师共同对所有的固定资产进行逐一盘点，并对盘盈盘亏情况查明原因后调整入账。由于破产企业的资产一般要处置变现，必须要进行评估，而对破产企业的评估一般选用清算价值类型，故固定资产账面折旧计提额大小对其评估值基本没有影响。因此从清算角度考虑，审计部门不必对破产企业固定资产折旧计提的准确与否予以过多的关注，但必须在审计报告中说明该事项。在分析审计报告时，应特别关注在法院受理对该企业的破产申请前一年内，是否存在无偿转让财产的行为，并提请审计部门注意。必要时，在审计报告中予以披露。
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