一是行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的。所谓滥用职权，是指国家工作人员故意滥用手中的职权或者超越自己的职权，致使公共财产、国家和人民利益遭受损失的行为。所谓玩忽职守是指国家工作人员不履行或者不正确地履行其职责，致使公共财产、国家和人民利益遭受损失的行为。在行政许可的实施过程中，一些行政机关的工作人员存在滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的情形，轻则违法，重则构成犯罪。这些行为损害了国家和人民的利益，损害了行政机关的正常行政管理活动，也损害了行政机关的形象。行政机关的工作人员滥用职权、玩忽职守作出的准予行政许可决定，不受法律保护，可以由作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关予以撤销。
二是超越法定职权作出行政许可决定的。行政机关必须在法定的职权范围内实施行政许可。超越法定职权实施的行政许可无效。根据本法第三章的规定，行政机关在法定的职权范围内实施行政许可包括以下内容：第一，行政许可由具有行政许可权的行政机关在法定职权范围内实施，行政机关如果没有某项法定的职权却对申请人实施行政许可，即属于超越法定职权。比如，集会游行示威法第六条规定：“集会、游行、示威的主管机关，是集会、游行。示威举行地的市、县公安局、城市公安分局；游行、示威路线经过两个以上区、县的，主管机关为所经过区、县的公安机关的共同上一级公安机关。”第七条规定：“举行集会、游行、示威，必须依照本法规定向主管机关提出申请并获得许可。”根据这些规定，在市、县行政区域内举行集会、游行、示威的，只能由市、县公安局、城市公安分局实施行政许可，其他公安部门实施行政许可即属于超越法定职权；游行、示威路线经过两个以上区、县的，只能由所经过的区、县的共同上一级公安机关实施行政许可，区、县的公安机关或者其他公安机关实施行政许可，即属于超越法定职权。第二，法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，只能在法定的授权范围内，以自己的名义实施行政许可。比如，证券法第七条规定：“国务院证券监督管理机构依法对全国证券市场实行集中统一监督管理”。根据这一规定，作为法律授权的具有公共事务管理职能的组织，国务院证券监督管理委员会只能在证券法等法律、法规规定的职权范围内行使证券监督管理方面的行政许可权，实施其他方面的行政许可即属于超越法定职权。第三，行政机关在其法定职权范围内，依照法律、法规和规章的规定，可以委托其他行政机关实施行政许可。受委托行政机关只能在委托范围内，以委托行政机关的名义实施行政许可，并不得再委托其他组织或者个人实施行政许可。比如，森林法第三十二条规定：“农村居民采伐自留山和个人承包集体的林木，由县级林业主管部门或者其委托的乡、镇人民政府依照有关规定审核发放采伐许可证。”再比如，国务院颁布的野生动物保护实施条例第二十二条规定：“国务院林业行政主管部门和省、自治区、直辖市人民政府林业行政主管部门可以根据实际情况和工作需要，委托同级有关部门审批或者核发国家重点保护野生动物驯养繁殖许可证。动物园驯养国家重点保护野生动物的，林业行政主管部门可以委托同级建设行政主管部门核发驯养繁殖许可证。驯养繁殖许可证由国务院林业行政主管部门印制。”根据上述法律、行政法规的规定，如果受委托行政机关超越委托范围，或者没有以委托行政机关的名义实施行政许可，即属于超越法定职权实施行政许可，如果再委托其他组织或者个人实施行政许可，那么，其他组织或者个人实施的行政许可也属于超越法定职权实施行政许可。
对于上述超越法定职权作出准予行政许可决定的，作出准予行政许可决定的行政机关及其上级行政机关都可以依法撤销行政许可。当然，根据本法第二十五条的规定，经国务院批准，省、自治区、直辖市人民政府根据精简、统一、效能的原则，可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权，在此情况下，一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权，不属于超越法定职权。根据本法第二十六条的规定，行政许可依法需要由行政机关内设的多个机构办理的，应当确定一个机构统一受理行政许可申请，统一发送行政许可决定；依法应当由地方人民政府两个以上部门分别实施的行政许可，本级人民政府可以确定由一个部门受理行政许可申请并转告有关部门分别提出意见后统一办理。在这些情形下行政机关办理行政许可的活动即不属于超越法定职权。
三是违反法定程序作出准予行政许可决定的。行政管理活动中程序的公正是保证实体公正的重要前提，没有程序的合法就很难保证实体的合法。在行政许可实施过程中，行政机关如果不能严格依照法定的程序开展工作，就很难保证行政许可决定的正确性。本法在总则中就规定，实施行政许可应当遵守法定的程序，将遵循法定程序作为实施行政许可的一项重要原则。依据这一原则，本法对普通行政许可实施中的申请与受理、审查与决定、期限、听证、变更与延续程序，对行政许可特别程序中的适用规则、特许程序、认可程序、核准程序、登记程序以及相关的特别规定等等，都作出了一系列详细规定。其他的有关法律、行政法规对一些专门行业的行政许可程序也作出了专门规定。这些程序方面的规定都是保证行政机关最后正确作出行政许可决定的重要条件，是行政机关及其工作人员具体实施行政许可时的工作依据。行政机关实施行政许可时违反法定程序，违反法定程序作出准予行政许可的决定，其正确性就很有可能受到影响。比如，依据本法的有关规定，建设行政主管部门或者环境保护行政主管部门等行政机关在对申请人的大型建筑物建设申请实施行政许可时，应当告知与建筑物的建设有重大利益关系的利害关系人具有要求听证的权利，如果行政机关没有告知利害关系人具有这一权利，在作出准予行政许可决定时，就有可能忽视和损害建筑物周围利害关系人的权利，从而影响建筑许可决定的正确性。因此，作出行政许可决定的机关，违反法定程序，影响到行政许可正确性的，该行政机关或者其上级行政机关可以撤销行政许可。实践中，如果行政机关在实施行政许可的过程中，违反了法定程序但没有影响到行政许可正确性的，一般说来则不必撤销。这主要是考虑到提高行政管理效率和保护被许可人合法权益的需要。比如，在上述建筑许可的申请中，行政机关没有告知利害关系人有要求听证的权利，也没有举行听证，但在作出准予建筑许可决定时充分考虑了利害关系人的利益，没有影响到行政许可的正确性，所以就不必撤销该行政许可。行政机关作出行政许可决定违反法定程序固然有责任，应当撤销行政许可，但基于提高行政管理效率和保护被许可人合法权益的需要，只要没有影响到行政许可决定的正确性，还是不予撤销为宜。
四是对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人予以行政许可的。不同的行政许可需要不同的资格或者条件，行政机关根据个人或者组织的申请，并对其申请进行审查后，只有在申请人具备从事行政许可事项的资格或者条件的情况下，才可以作出准予行政许可的决定。比如，根据律师法第五条的规定，律师执业，应当取得律师资格和执业证书。个人没有取得律师资格和执业证书，即不具备申请从事律师执业的资格，司法行政部门如果作出准予其执业的行政许可，该行政许可即为无效，应予撤销。再比如，根据建筑法第八条的规定，个人或者组织申请建筑工程施工许可，应当具备下列条件：一是已经办理建筑工程用地批准手续；二是在城市规划区的建筑工程，已经取得规划许可证；三是需要拆迁的，其拆迁进度符合施工要求；四是已经确定建筑施工企业；五是有满足施工需要的施工图纸及技术资料；六是有保证工程质量和安全的具体措施；七是建设资金已经落实；八是法律、行政法规规定的其他条件。如果个人或者组织申请建筑工程施工许可，没有具备上述条件，建设行政主管部门就作出准予其从事建筑工程施工的行政许可决定，那么，该行政许可即为无效，应予撤销。
五是依法可以撤销行政许可的其他情形。这是一项兜底性规定，即除了上述四种情形以外，遇有其他由于存在违法因素而导致行政许可无效的情形，作出行政许可决定的行政机关及其上级行政机关，可以依法撤销行政许可。
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