行政许可的设定权，是指哪一级国家机关有权设定行政许可、以何种形式设定行政许可、设定行政许可有哪些限制以及设定行政许可需要遵循哪些规则。它属于立法行为的范畴。这是行政许可法需要解决的又一个重要问题。经过反复研究论证，行政许可法对此从四个方面作了规定：
第一，行政许可的设定主体，就是有权设定行政许可的国家机关。行政许可法规定，全国人大及其常委会，国务院，省、自治区、直辖市人大及其常委会，省、自治区、直辖市人民政府，依照行政许可法规定的权限可以设定行政许可。其他国家机关，包括国务院部门，一律无权设定行政许可。
第二，行政许可的设定形式，就是什么样的规范性文件才能设定行政许可。行政许可法规定，法律，行政法规，国务院的决定，地方性法规，省、自治区、直辖市人民政府规章，在行政许可法规定的权限范围内可以设定行政许可；其他规范性文件，包括国务院部门规章，一律不得设定行政许可。
第三，行政许可设定权限。行政许可法对设定行政许可的权限作了三个方面的规定：
一是，凡行政许可法规定可以设定行政许可的事项，法律都可以设定行政许可。
二是，对可以设定行政许可的事项，尚未制定法律的，行政法规可以设定行政许可。必要时，国务院可以通过发布决定的方式设定行政许可，实施后，除临时性行政许可事项外，应当及时提请全国人大及其常委会制定法律，或者自行制定行政法规。
三是，对于可以设定行政许可的事项，尚未制定法律、行政法规的，地方性法规可以设定行政许可；尚未制定法律、行政法规和地方性法规，因行政管理需要，确需立即实施行政许可的，省、自治区、直辖市人民政府可以设定临时性的行政许可。临时性行政许可实施满一年需要继续实施的，应当提请本级人大及其常委会制定地方性法规。但是，地方性法规、地方政府规章不得设定应当由国家统一确定的有关公民、法人或者其他组织的资格、资质的行政许可，不得设定企业或者其他组织的设立登记及其前置性行政许可。其设定的行政许可，不得限制其他地区的个人或者企业到本地区从事生产经营和提供服务，不得限制其他地区的商品进入本地区市场。
