首先,当事人自行委托鉴定的提起,只能由占有鉴定材料的一方当事人提起,另一方当事人即使有自行委托鉴定的意思,也势必会因其不能提供相应鉴定材料而委托不能,这样就造成了这项权利归于占有鉴定材料的一方当事人所独享。
其次,司法鉴定机构社会化后成为一种社会服务机构,受经济利益驱动,对当事人自行委托鉴定来者不拒,常常会不自觉地站在委托方的立场。对委托方送检的鉴定材料不加仔细的甄别,更有甚者会尽可能地选择对委托方有利的方面,规避对委托方不利的方面,造成鉴定结论对委托方有利,失去了鉴定的中立性、公正性。
再次,我国民事诉讼法回避制度除了适用于审判人员以外,还适用于鉴定人员。在当事人自行委托鉴定机构的情况下,当事人为了取得对自己有利的鉴定结论,往往会通过各种渠道找到和自己有朋友、同学等各种关系的鉴定机构、鉴定人,在这种情况下,鉴定人根本不会自行回避。对方当事人由于不知道委托方去何处鉴定,即使知道委托方委托的鉴定机构,由于无法知道委托方和鉴定人有何种关系,申请鉴定人回避更是无从谈起,这样一来,本该回避的鉴定人没有回避,导致鉴定意见的可信度大大降低。
再次,鉴定结论对案件的审理结果至关重要,当事人为了能够取得对自己有利的鉴定结论,往往会根据自己的经济条件申请权威的专家进行鉴定,经济实力越强越有可能请到该领域的权威专家进行鉴定,这样其会更加容易胜诉;有的会申请多家鉴定机构对同一事实重复鉴定,在不同种鉴定结论中自由取舍,选择对其最为有利的鉴定结论。从一定程度上说,容易使社会民众形成“经济实力决定诉讼胜负”的意识。