由于市场交易主体的不对称，承发包关系不对等，发包人和承包人在承包合同里约定的工程类别和取费标准往往要低于实际的工程规模和承包人的取费等级标准，发包人甚至利用天然的优势地位选用更低的年度工程定额核算造价。该约定虽然有悖于平等竞争的市场交易规则，但其只要没有背离招投标文件的实质性内容，便合法有效，应依法信守。
《关于审理建设施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十条明确规定，“工程造价鉴定结论确定的工程款计算方法和计价标准与建设施工合同约定的工程款计价方法和计价标准不一致的，应以合同约定的为准。”在山东高院的审判纪要中也有明确表述“国家颁布的工程定额年度取费标准属于任意性规范，建设工程合同约定的工程价款结算标准与合同履行期间实施的工程定额年度取费标准不一致的，应以合同为准”。
前述案件中，双方在合同通用条款第31约定“承包人在工程变更确定后14天内，提出变更工程价款的报告，经工程师确认后调整合同价款”、“承包人在双方确定变更后14天内不向工程师提出变更工程价款报告时，视为该项变更不涉及合同价款的变更”，这些条款都对工程变更程序及认定作出了合法的和非常明确的规定，理应在审理过程中得到认可和保护。但在案件审理中，在承包人根本没有双方协商变更合同约定价款的相关证据下，鉴定机构基于审判权的让渡，置上述约定不顾，将所有变更单纳入造价鉴定范围。
上述从约原则是司法鉴定最首要的鉴定规则和行业惯例，但实践中，很多的鉴定机构对当事人的合法约定视而不见，背离当事人真实意思表示，想当然的径行鉴定必然导致鉴定结论的失衡和失真。
笔者建议，审判人员在审理结算纠纷案件时，首先应当认真审查当事人签订的合同，并结合当事人的主张及陈述，正确理解合同双方当事人的真实意思，严格保护合同中约定的内容，并和鉴定机构做好有效的沟通。只有这样，才能保证案件的审判质量和和审判结果的公平、公正。
二、准确把握鉴定公正原则
所谓公正原则，是指鉴定机构对案件双方当事人的利益站在公正的立场平等对待，对双方当事人提供的事实公平地作为鉴定的依据，不得因当事人的地位不同适用不同的标准，从而使利益失去平衡。
某诉讼案件中，承包人提出由于工程停工索赔钢筋损失费65万元，长达5个月的人员窝工费25万元。并提供了完整的钢筋采购合同、发票及劳务分包合同、停工天数记录等资料。但鉴定人员进行现场勘察时，施工现场堆放了大量锈蚀的钢筋。
就上述案情，如果生硬的按照工程资料进行造价审核，那么承包人的索赔请求依法应当计入，但现场情况的反映，承包人实际的损失与其自身的过错有某种程度的联系。如，作为有经验的承包商应当在发包人原因而导致停工的情况下，合理妥善安置堆积现场的材料，不至于长时间的露天搁置，导致钢材彻底失去其使用价值。就人工费问题，承包人亦应当采取合理措施安置或疏散工地民工，而不至于长达5个月放任不管。
鉴定机构最终根据《合同法》第119条：“当事人一方违约后，对方应当采取适当措施防止损失的扩大；没有采取适当措施致使损失扩大的，不得就扩大的损失要求赔偿。”作出鉴定结论，合理确定了承包人的停窝工损失和钢筋损失，并就核减部分，向审判机关提出自己的合理意见和建议。正是由于鉴定机构运用公平原则合理认定了承包人的索赔数额，当事人双方在庭审质证中都非常信服。
因此，鉴定机构的鉴定人员只有严格、准确地贯彻公正原则，才能使鉴定结论公正、客观，才能经得起庭审中双方当事人的质证，才能顺利地为法庭处理案件提供依据。
三、取舍原则的合理适用
实践中，由于案情的复杂性和特殊性，或者证据的不完善，或部分证据矛盾致使工程司法鉴定难以得出确定的结论时，鉴定人员应结合案情按不同的标准和计算方法，根据证据能否成立作出可以选择的几个结论，由审判机关根据开庭质证情况对鉴定结论进行取舍，或者由审判机关就无法确定事项要求当事人按照举证分配原则继续补交证据进一步澄清。
前述A公司与B建筑公司的分包合同纠纷案件中，发包人提交了大量详实的资料图纸和现场照片，与承包人提交的有诸多瑕疵的签证单展现的情况截然不同，那么如何抉择这些资料的可信程度，又如何精准的认定工程造价，笔者认为鉴定机构应当合理的把握取舍原则，根据双方各自提供的资料，分别作出两种结论，可以附有倾向性的意见，最终由审判机关取舍决定。
笔者认为只有合理恪守取舍原则，才能够有效地防止以见鉴代审和越权鉴定。
司法鉴定作为一门专业而边沿的制度和学科，不但需要睿智的审判人员和专业的鉴定人员灵活把握司法鉴定的各项原则，严格遵循各项程序规定，更需要立法的不断完善，才能够客观、公正、科学的处理工程造价纠纷，化解社会矛盾，维护各方的合法权益。
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