随着问题的日益显露，司法鉴定越来越引起社会公众的广泛关注，改革现行司法鉴定体制的呼声也日益强烈。我国目前关于司法鉴定的立法，仅见于三部诉讼法典中的几条简单规定（其内容主要是关于鉴定决定权的授权性规定）。司法鉴定的许多基本问题，至今仍缺乏基本的法律依据，使得司法鉴定的机构设置、管理体制以及运行机制呈严重的混乱局面。近年来，有关部门制定的规章、地方性法规和规定，在司法鉴定的一些重大原则问题上存在分歧，具体措施不协调，甚至相互矛盾，导致司法鉴定机构和人员无所适从。这种状态导致了大量的多头鉴定、重复鉴定、"挂靠鉴定"、"雇请鉴定"和"自侦自鉴"、"自检自鉴"、"自审自鉴"以及各职能部门之间因鉴定而相互扯皮等诸多不合理现象。
近年来，我国许多地方都制定了《司法鉴定管理条例》，规定了司法鉴定机构的设立条件，明确了鉴定人的权利义务，规范了司法鉴定的实施程序，这对于我国司法鉴定制度的改革与完善将具有非常重要的意义。各地在立法的过程中为了遏制司法实践中普遍存在的多次鉴定、重复鉴定等现象，普遍加强了办案部门、上级鉴定部门、省级司法鉴定委员会等对鉴定启动程序的干预以及立法对鉴定结论效力的强制性规定，导致我国鉴定立法出现了严重的职权化和行政化色彩。政法机关的侦查职能、起诉职能、审判职能与鉴定职能相混同，妨碍影响了司法公正。由于司法鉴定人员的行政隶属色彩，违背了鉴定工作应有的中立性和客观性。司法机关鉴定机构对侦查阶段专门性问题的鉴定，属于内部鉴定，由于缺乏监督，往往在起始环节容易受某些因素干扰而出现结论可靠性方面的偏差。结论在该诉讼阶段的运用又往往导致对嫌疑人实施某种强制措施，势必造成一定的冤假错案。司法鉴定存在的问题不仅影响具体案件的公正，也影响了公检法机关的社会公信力和权威。司法鉴定结论是确定事实的法定证据，对诉讼、仲裁起着至关重要的作用。
首先要立法确认司法行政管理机关是规范统一管理司法鉴定人和司法鉴定机构的主体，建立不隶属于公、检、法部门的、统一的司法鉴定机构，制定全国统一适用的《司法鉴定法》。司法实践表明，需要鉴定的专门性问题是多方面、多层次的，尤其是当代和未来形形色色的案件中所反映出来的多种多样的专门性问题。从目前鉴定实践来看，除法医学鉴定和物证鉴定而外，其他类型鉴定的数量正呈上升趋势，如司法会计资料司法鉴定、建筑工程司法鉴定、知识产权司法鉴定、心理测试等。不同的司法鉴定类型涉及不同的专业技术范围，针对相同鉴定对象提出的不同方向和层次的鉴定要求，又需要不同的专业层次要求。简单地把司法鉴定管理局限在三个类型的专业鉴定方面，而将虽构不成主流但范围广大的其他鉴定类型排斥在统一规范管理之外，势必出现多种管理模式和多种不同的鉴定体制，形成司法鉴定人和司法鉴定机构管理混乱局面，造成鉴定管理政出多门、各自为阵、鉴定渠道不畅、对鉴定人和鉴定机构要求和管理尺度不统一等弊端。因此，规范对司法鉴定人和司法鉴定机构管理必须是绝大多数司法鉴定人和司法鉴定机构的管理，从理论上讲，从事各种类型司法鉴定的司法鉴定人和司法鉴定机构均应集中归司法行政机关统一管理。同时，应另针对部分不能预见或虽已预见但目前尚不具备条件纳入统一管理的鉴定类型的鉴定人及鉴定机构，制定各种临时选聘条件和鉴定程序规范。
最后是通过立法确立一元化的专职司法鉴定机构，规定适应我国司法审判制度的级别鉴定制度。和审判制度相对应可以考虑设立国家级、省级和地市级司法鉴定机构三级，考虑到司法鉴定的严肃性、专门性和高技术性，县级司法行政机关不宜设专职司法鉴定机构。如有必要，地市级司法行政机关可在某些地区设置司法鉴定分支机构。三级鉴定机构在人员的职能结构、鉴定范围以及鉴定结论的效力上应有所区别。在鉴级制度上，实行两级终鉴制，即每一审级可进行两级司法鉴定，对初鉴定如有疑议，可申请由上一级司法鉴定机构进行复鉴定，复鉴定为该审级的终局鉴定。这与我国的两审终审的审判制度相一致。但需要说明的是，两级终鉴是就一个审级而言的，即在第一审程序中即可进行两级鉴定，如果进入第二审，还可再次实行两级鉴定。这种每一审级的两级终鉴制足以为司法鉴定的公正性提供鉴级制度上的保障，也兼顾了诉讼的效率价值。
科学鉴定是保证司法公正的基本要素，司法鉴定制度是国家司法制度的重要组成部分，司法鉴定在司法活动中发挥着日益重要的作用，是现代证据制度的技术基础，其重要性在国内法学界、司法鉴定界得到了普遍认同。司法公正是现代文明的标志，它不仅是司法系统工作的目标，更是社会发展的目标。实现司法公正，司法机关有着义不容辞的责任，同时也要靠全社会的共同努力，构筑公正、透明且长效的司法体系是现代文明社会的一项系统工程。
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