司法鉴定启动程序所涉及到的权利义务关系,主要是司法鉴定结论可能影响到司法机关、诉讼参与人的利益;而司法鉴定结论是由司法鉴定机构(司法鉴定人)作出的。人们通常认为,由哪一方决定司法鉴定、由哪一方挑选司法鉴定机构,那么司法鉴定的结论可能对其有利。因此,司法鉴定启动程序就是在不同的诉讼相关利益主体与不同的司法鉴定机构(鉴定人)间采用何种方式达成联系,通过程序公正来保障不同诉讼参与人的利益。
在现代法律制度下,司法鉴定已经不再是专属于司法侦查机构才能采用的一种手段或措施;司法鉴定启动程序所涉及到的相关利益方也不再是司法鉴定机构与司法侦查机关两个主体。
在民事诉讼中,司法鉴定启动程序所涉及到相关利益方首先是双方当事人,双方当事人的委托代理人,司法机关(即审判机构),鉴定机构(鉴定人);刑事诉讼中的情况则稍微有些复杂,除了侦查机关、起诉机关、审判机关外,还有被告人(犯罪嫌疑人)与被害人,鉴定机构(鉴定人)也分为社会鉴定机构(鉴定人)与控诉机关内设的司法鉴定机构;行政诉讼中的情况与民事诉讼有些类似,只是被告一方为行政机构。
司法鉴定对于诉讼过程中的相关利益主体的利益都产生影响,因此司法鉴定启动程序需要在各相关利益主体间寻找一种平衡点,并用程序的方法将其制度化,以适应将来可能发生的各类诉讼案件中的司法鉴定同时赢得当事人乃至社会公众的信任,使司法裁判获得合法性也即公信力。
其次,在刑事诉讼过程,并不是所有的犯罪嫌疑人在侦查开始就能够确定的,但在嫌疑人确定前侦查机关也不大可能放弃采取司法鉴定这种证据调查方法的,另外被害人在认为自己权利受到侵犯时可能希望通过司法鉴定来获取司法侦查机关启动追究程序所需要的证据,因而在刑事诉讼中被害人与被告人也有参与司法鉴定启动程序的需要。在行政诉讼中,中国的行政诉讼法禁止作为被告的行政机构在行政诉讼开始后继续进行证据调查,但是原告却可以基于对被告一方在行政诉讼开始前已经进行的司法鉴定结论提出质疑而申请重新鉴定。民事诉讼中,基于可以将司法鉴定程序启动权完全交给双方当事人,但是作为审判机构的司法机关依然享有对案件中所涉及到的专门问题是否进行司法鉴定的权威。