在我国刑法中，追诉时效制度是最基本、最全面的刑罚消灭制度之一。从刑法第87条的规定可见，刑法规定的追诉时效期限是以表现为自由刑和生命
刑的法定最高刑为标准确定的。对于实行单罚制的单位犯罪，追诉时效期限也可以以直接责任人员的自由刑和生命刑的法定最高刑作为确定单位犯罪追诉时效期限的标准。但是对于绝大多数实行双罚制的单位犯罪而言，由于实行双罚制，即对犯罪主体-单位只能适用罚金刑，不能适用自由刑和生命刑，所以，目前刑法第八十七条规定的追诉时效期限如何适用于实行双罚制的单位犯罪，就成为当前单位犯罪理论上和实践中的一个疑难问题。
如果根据刑法第八十七条的规定，认为实行双罚制的单位犯罪无须追诉时效期限的限制，又显然有悖于设置追诉时效制度的立法初衷。追诉时效制度是在刑法基本原则的指导下规定在刑法总则中对刑法分则规定的所有犯罪都具有法律效力的基本制度，显然应当适用于这类单位犯罪。这是因为：
1.追诉时效制度适用于单位犯罪，符合设立追诉时效制度的立法本意。追诉时效制度之所以成为能够成为我国刑法中的一项基本刑罚制度，是因为（1）追诉时效制度符合我国预防犯罪的刑罚目的要求；（2）有利于司法机关集中精力办理现行的刑事案件；（3）可以节省人力、物力和财力；（4）有利于社会的稳定。设置追诉时效制度的积极意义，对于单位犯罪的追诉时效而言也同样适用。
2.追诉时效制度适用于单位犯罪，是刑法面前人人平等原则的体现。对于不纯正单位犯罪而言，其与同一性质的自然人犯罪的区别仅仅在于犯罪主体的不同，不在于犯罪构成的不同。换言之，不纯正单位犯罪是与同一性质的自然人犯罪共用同一个犯罪构成。如果单位犯罪不受追诉时效期限的限制，就会造成单位实施某种不纯正单位犯罪，不受追诉时效期限的限制，而自然人实施同一性质的犯罪，则受追诉时效期限限制的结果，而这一结果显然违背了刑法面前人人平等原则，对于单位主体来说，也是不公平的。
3.追诉时效制度适用于单位犯罪，是单位犯罪双罚制处罚原则得以实现的要求。对于刑法规定应当实行双罚制的单位犯罪来讲，只有既罚单位、又罚直接责任人员，才能符合刑法对单位犯罪规定双罚制的意旨。但是，如果实行双罚制的单位犯罪不受追诉时效期限的限制，就会造成这样的尴尬结果：单位实施某种犯罪，不受追诉时效期限的限制，而其中的直接责任人员因其所受刑罚为自由刑或生命刑，就受追诉时效期限限制，那么，当司法机关在直接责任人员的追诉时效期限经过之后，才对单位犯罪予以追诉时，单位因无追诉时效期限的限制，应当承担刑事责任，而其中的直接责任人员因为追诉时效已经期满，不应当承担刑事责任，从而事实上使得刑法对单位犯罪双罚制的规定无法实现。这种顾此失彼的尴尬局面，实际上是对罪刑法定原则的违背。
综上所述，不论单罚制的单位犯罪，还是双罚制的单位犯罪，都应当适用追诉时效制度。目前，追诉时效制度适用于单位犯罪，不仅是应然层面上的问题，即修订刑法时，应当增加单位犯罪追诉时效制度的条款，而且是实然层面上的问题，即在现行刑法的规定之下，就应当谋求单位犯罪追诉时效问题的解决。
二、单位犯罪追诉时效与犯罪单位中直接责任人员追诉时效的关系
单位犯罪追诉时效与犯罪单位中直接责任人员追诉时效的关系问题的实质，就是在现行刑法的规定之下，单位犯罪的追诉时效能否适用直接责任人员的追诉时效问题。
对这一问题，目前在为数不多的讨论单位犯罪追诉时效论著中，大多数学者认为，对单位犯罪的追诉时效，应当按照有关单位犯罪法条对其直接负责的主管人员和其他责任人员所应判处的自由刑或生命刑来确定。在单位犯罪的直接责任人员为多人的场合下，其追诉时效期限可能会出现不一致的情况下，单位的追诉时效期限，可以依照其直接负责的主管人员和其他直接责任人员中最长的追诉时效期限来确定。但是，也有观点认为，不论单位犯罪的轻重，单位追诉时效期限一律确定为5年。
笔者认为，在目前的立法条件下，如果不论单位犯罪的轻重，将单位犯罪的追诉时效期限一律确定为5年，可能会引发一系列的矛盾和冲突。具体而言，包括：第一，单位与自然人在追诉时效上的不协调和不公平。如在不纯正单位犯罪的场合，无论单位犯罪的轻重，其追诉时效期限都是5年，但是当自然人实施同一性质的犯罪时，却要按照其法定最高刑确定追诉时效期限，最高可以是20年，这样的结果显失公平。第二，单位与单位在追诉时效上的不协调和不公平。如果不论单位犯罪的轻重，其追诉时效期限一律都是5年，这样的结果不仅显失公平，而且与追诉时效期限的设置根据不符。第三，单位与其直接责任人员在追诉时效上的不协调和不公平。按照这种观点，无论单位犯罪的轻重，其追诉时效期限都是5年，但是其直接责任人员，却要按照其法定最高刑确定追诉时效期限，最高可以是20年，这样的结果不仅显失公平，而且当超过单位追诉时效的5年期限但又未超过直接责任人员追诉时效期限的情况下，再对直接责任人员追究刑事责任，也有悖于罪刑法定原则。因此，以直接责任人员的最长追诉时效来确定单位的追诉时效的观点具有相对合理性。尽管犯罪单位追诉时效的根本解决有赖于刑法的修订，但在目前，以直接责任人员中最长的追诉时效来确定单位的追诉时效，也不失为是一种权宜之计。
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