检察机关在刑事诉讼中为什么遵守客观追诉原则?其理论根基何在?一般可以从以下几个方面得以解释。
一是检察机关作为国家机构组成部分的当然要求。人民组成国家的目的在于保护其合法权益，检察机关作为国家在刑事诉讼中的代表，保护公民的合法权益是其应有的职责。根据现代刑事法律基本原则——无罪推定原则的要求，在刑事诉讼中，只有通过合法程序，在犯罪事实清楚、证据确实充分的条件下才能被定罪处罚是被告人的一项重要权利，在被法院依照法定程序判决有罪之前，他就应当被作为一个无罪的人看待，其应有的合法权益与一般公民一样，都应当得到切实的保护。另外，即使一个有罪的被告人，他也有自己的尊严，国家
只能剥夺按照法律规定应当剥夺的权利，对于其他的合法权益，仍应受到国家的保护。检察机关作为国家在刑事诉讼中的代表，它和审判机关一样，也负有保护包括被告人在内的所有公民合法权益的义务。如果将检察机关在刑事诉讼中的角色完全当事人化，为了达到将被告人定罪判决的目的，检察机关可以不择手段，对被告人的合法权益应当维护而不维护，这是和人民组成国家、建立国家机关的根本目的相违背的。
二是检察机关法律守护人的角色定位。保证法律得以统一正确的实施，这是检察机关的职责。“检察官应当担当法律守护人的光荣使命，追诉犯法者，保护受压迫者，并援助一切受国家照料之人民”，“检察官作为法律的守护人，负有彻头彻尾实现法律要求的职权”。[13]而对无辜的人进行起诉、定罪判刑或者对有罪的被告人进行不正当的定罪判刑，本身就是对法律正确实施的一种破坏，检察机关理当防止这种现象出现。
三是平衡国家与被告人在实力上巨大差距的需要。检察机关作为国家在刑事诉讼中的代表人，有强大的国家作为其后盾，可以采取一切必要的措施收集证据。而被告人作为一个能力有限的个体，即使是无辜的，也很难收集到证明自己无罪的证据。任何人在被法院定罪之前，都应当受国家法律的保护，因此，作为国家的代表，检察机关有义务在刑事诉讼中照顾被告人的利益，除了收集有罪或者罪重的证据外，还应当收集被告人无罪或者罪轻的证据。
我国的检察机关之所以负有客观追诉义务，还在于宪法中的定位。根据我国宪法第129条的规定，检察机关是国家的法律监督机关。作为法律监督机关，检察机关的职责在于保证法律包括实体法与程序法得以正确地遵守执行。法律得以正确执行，在刑事诉讼中，这不仅包括有罪的人受到及时有效的定罪处罚，也包括无辜的人不受处罚、犯罪嫌疑人、被告人合法权益不受侵犯。而要做到这一点，检察机关就必须客观地行使追诉权，在有效追诉的同时，也要注意保护犯罪嫌疑人、被告人的合法权益。
