1.国、地税系统之间机构设置不统一。国、地税作为税务机构,仅是在征收税种及入库级次上不同,其管理模式和机构不应有较大差别。但目前,在机构设置上由于征管改革、机构、人事改革不同步,再加上两者垂直管理程度不同,二者的差距越来越大。以河南国、地税为例,在机构设置上:河南国税系统省辖市、县(区)局城区设立了专业征收局、管理局、稽查局,改革原有大而全的基层征管单位。河南地税系统虽然去年进行了人事、机构改革,人员有所精简,但机构设置没有大的变化,基层征管单位中征收、管理、稽查职能没有完全分开,而且在市地一级设事业编制的发票管理局、县级单位设发票管理所,全省有6个地市保留了涉外分局设置。
3.在税务司法协助中产生的临时性协调机构大量存在。如为了加强与公安机关联系,打击涉税犯罪,一些地方与公安机关联合成立办案机构,有的称“打击涉税犯罪办公室”,有的叫“税务公安联合治安室”,有的叫“”税务派出所“,名称不一,但职能类似。一些地方为加大税务处罚案件的执法力度,与法院行政庭联合,成立了税务案件执行室,专门负责税务强制执行案件的执行工作。还有一些地方为了加大内部执法监督,与检察院联合成立了预防职务犯罪办公室等。这些做法,最终导致行政权与司法权的交叉与混合,侵害了纳税人的合法权益。同时,在涉及应诉案件时,税务机关和公安机关往往一同被告上法院。
4.在税务系统外部,以税收名义执法的机构广泛存在。这类机构往往是地方政府为一定目的以支持、协助税务机关工作的名义组织一部分人征收税、费。基层税务机关人员少,力量薄弱,税收工作离不开基层政府的支持,一些单位还把地方政府的支持、协助征税作为加强税收征管的重要方式。如一些地方政府为加强辖区内发票管理,实行以票控税,组织财政、国、地税部门,由政府牵头,成立发票管理办公室,抽调人员,以发票管理办公室的名义对外执法。还有一些地方成立了“财税管理办公室”、“财税工作领导小组”,将国、地税、农业四税及有关收费项目统管起来,组织人员统一征收税费。这一机构或称联合执法机构的做法与税法规定是不相符的,机构本身也是不符合法律规定的。《税收征管法》第5条明确地将税收征管权力赋予税务机关,第29条进一步明确除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外,任何单位和个人不得进行税款征收活动。
5.委托代征关系中受托主体(即代征人)比较复杂,不仅有单位还有个人。税务机关根据国家有关规定可以委托有关单位代征少数零星分散的税收。但是税务机关仅可以对少数零星分散税收委托有关单位代征。在实际工作中,部分税务所对零星税收大量委托村文书、村组负责征收,一些符合代征条件的单位,由于按规定提取的代征费用太少而拒绝代征税款,使基层税务机关无法及时征收这部分零星税收。