但是,清末的官制改革是在“大权统一于朝廷”的原则下进行的,一切机构的设置和人员的任用都是围绕这一原则来展开的：对涉及皇族、宫廷事务的机构,如宗人府、内务府等或予保留,或改换名称,皇族利益未受到触动；行政大事要禀报慈禧定夺,只有慈禧首肯才可实行,就连官制改革中要留、改、并、增什么机构,要动哪些人员,不动哪些人员,都要慈禧一人同意后,才能实施,所以官制改革“分权以定限”是很有限的。此外,在军机处和11个部中,由满人、王公亲贵占据了重要的行政职位,且中央大员中满人和王公亲贵占有多数,从而保证了行政大权由皇族垄断,达到了“大权统一于朝廷”,进而集中于慈禧的目的。因此, 清末官制改革形似进步,实际上要害问题、即皇权的再分配问题并没有根本解决,经过这番改革,皇权不是被分散了,而是更集中了,更集中到一批满族亲贵手中, 由此引发了汉族官僚的不满情绪,增加了统治集团内部的矛盾斗争,加速了清王朝的灭亡。所以,这种在维护封建专制,使皇权永固基础上的官制改革终究是要失败的。
究其清末官制改革失败的主要原因,就在于清朝统治者不肯放松自己手中的权力,不管是中央官制的改革还是地方官制的改革,只作了些表面文章,未能触动最根本的皇权专制问题,所以改革失败势所必然。其次官制改革中应有竞争陶汰机制,如官员的任用、选拔应以什么为标准,这一点在清末官制改革中几乎看不到,所以没有竞争陶汰机制的官制改革是没有发展前途的,也是长久不了的。
清末官制改革的失败给我们的启示是：官制问题是和政府体制紧密相联的,而政府体制如何又是与国家的政治体制密切相关的。如果政治体制还是原来的样子,官僚体制即使改了,也难于改得彻底、改得科学。置身于当时具体的社会情景之中，我们可以感觉到，各种集团都是经过充分的分化组合才出现官制改革的如此格局。也许我们不能求全改革的当事人缺少足够的诚意，也不应该责备社会大众缺乏先进的政治素质，只有站在历史的高度才能真正理解历史运动带来的影响。历史总是一面借镜，总能为今天的人们提供经验和教训、减少不必要的考虑和抉择，并指示相对明确的方向。
