1、个别案件的质量不高，当事人的利益得不到有效保护。依照法律规定办理案件，做到认定事实清楚，证据确实充分，适用法律准确，处罚得当是法律对案件质量的要求。但是，由于诸多方面的原因，实践中还存在违背客观事实办案，认定事实不清，适用法律错误，处理不当等现象，甚至由于司法人员的失职渎职行为，造成冤案、错案。当事人的正当权益不能被有效保护，导致当事人申诉、上访。
2、办案程序违法，侵犯当事人权益。由于个别司法部门和司法人员存在重实体、轻程序等错误观念，不严格按照法定程序办案，违法搜查、扣押、冻结单位和公民的合法财物，依法应当返还的不及时返还；违法对公民采取取保候审、刑事拘留等强制措施，违法取证、诱供、刑讯逼供、超期办案等违反程序法的行为， 违反办案程序的错误，侵害的却当事人的实体利益。
3、办案时间过长，诉讼效率低。表现为依法应当立案的不能及时立案，立而不侦，侦而不结，案件久拖不决，办案期限过长，不应当延期的随意延期，应当做出处理决定，终结诉讼的案件，仍然进入下一诉讼程序。办案部门处理案件不果断，怕承担责任，或者碍于部门之间的情面，不能及时终结诉讼，反复研究，层层汇报请示，迟迟不能作出处理决定，部门之间、上下级之间相互推诿，浪费诉讼资源。
4、司法公开力度不够，当事人的知情权缺失。司法公开是促进司法公正，司法机关取信于民，保障当事人知情权和监督权的重要措施。但是，实践中由于司法机关任务重、人员少、认识不足等原因，应当向当事人和社会公开内容没有及时公开，当事人对执法的公正性存有疑虑。当事人缺乏知情权，对案件进行的环节，每一环节具有的权利和义务缺乏必要的了解，诉讼权利得不到有效保障。即使案件处理得当程序合法，也不能被当事人和社会所理解、接受。
5、部分执法人员存在以权谋私、徇私枉法现象。政法队伍是一支执法为民，党和人民信赖的队伍，但是，也不能否认，个别司法人员存在政治觉悟不高，执法犯法的现象，甚至有的的以权谋私，办理人情案、关系案、金钱案，违规插手经济民事纠纷，利用国家赋予的司法权，谋取个人或者部门利益，严重败坏司法机关的良好形象，降低司法公信力。
