秦始皇三十二年(前215年)又使燕人卢生求羡门、高誓等仙人踪迹,后来又使韩佟、侯公、石生求仙人不死之药。对于秦始皇这种行为,也有儒生表示劝谏的,博士齐人淳于越建议始皇仍实行分封宗室子弟为诸侯的政策,始皇交给臣下讨论。丞相李斯反对。李斯的奏议促成了秦始皇帝下令焚书禁书,规定史书非秦纪皆烧之;非博士官所职,天下敢有藏《诗》、《书》、百家《论》者,悉诣守、尉杂烧之;有敢偶语《诗》、《书》者,弃市;
以古非今者,族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧,黥为城旦。准保存者,医药卜筮种树之书。若愿学法令,则以吏为师。
始皇心里已感到受骗,于是命令御史案问诸生,互相揭发牵连四百六十余人,始皇下令把他们都在咸阳活埋。有人认为《史记》记载秦始皇坑杀的乃是术士,并不是儒生,但根据《史记·秦始皇本纪》记载秦始皇坑杀的人“皆诵法孔子”。