在目前的补贴方式下,一方面,政府为了财政补贴的最终落实,对住房市场进行了较多的直接干预;另一方面,现行的补贴方式只针对新开发建设的经济适用房,而对购买低档二手房则没有规定相应的优惠政策,这使经济适用房与普通商品住房存在了较大的价差,为了防止出现个人或机构违规投资炒房等不合理现象的出现,切实保障中低收入群体实现居住需求,相关法律规定经济适用房在购买满一定年限后才能按市场价出售,这就限制了中低收入家庭进入二手房市场,不利于住房二级市场的发展和市场体系的完善。同时经济适用房开发商和商品房开发商相比拥有政策优惠,具有一定价格优势。但由于政府相关部门对经济适用房开发商的选择不够透明公开。另外还由于经济适用房变异为商品房的可能性,以及开发商不高于3%利润的不可控性,使经济适用房在购买对象、用地位置、户型、质量等方面与周边商品房相差无几,引起不少开发商的强烈不满,他们认为具有垄断利润性质的高于3%利润是有损公平竞争的非竞争因素,经济适用房制度导致了房地产市场上的不公平竞争行为。