然而在乌拉圭回合谈判开始后的进四年里，几乎无人提及要重建一个贸易组织的问题。从上述艾斯特角三点决议中也看不出要在乌拉圭谈判中建立一个多边贸易组织的明显含义。到了1990年2月，意大利政府贸易部长鲁杰罗首先提出了建立一个世界性贸易组织的设想。1990年4月加拿大政府在墨西哥瓦拉塔港非正式的贸易部长会议上提出了纠正总协定在宪法上的漏洞，建立一个有约束力的“世界贸易组织(WTO)”的建议。他提出乌拉圭回合谈判结束后，应以组织条约形式建立一个广泛的国际性贸易组织，包括成员、组织机构条款，负责监督执行所有该回合谈判的各项协定，提供一个有效的解决国际贸易纠纷的机制。但加拿大的建议仅是一个提纲性的，内容相当原则。1990年7月，欧共体正式提出了建立“多边贸易组织(MTO)”的建议。该建议指出，要加强总协定作为一个机构的效力，则达成一个纯属建立一个国际贸易组织条约，而不涉及各缔约方的实体权利与义务是至关重要的。欧共体还指出，创立一个组织机构，会对乌拉圭回合各项协定的执行提供有效管理。
欧共体建议MTO应包括下列内容：成员及组织机构、执行实体谈判结果的法律基础、秘书处及总干事长、财政预算机构的法律资格以及该机构与其它国际组织的关系等。美国政府对当时提出建立贸易组织持消极态度，或者说是反对态度，担心当初关于建立国际贸易组织(ITO)的历史会重演、担心贸易组织的建立会削弱美国的主权。另外美国当时谈判的重点是农产品、服务贸易等市场准入问题。因此，当加拿大提出建议时美国并不表示欢迎，借口说提出太迟了，甚至说建立贸易组织会转移谈判主意力。在当年10月美国提出在总协定内建立一个“管理委员会”。该会在两年一次的缔约方大会期间发挥全体缔约方的作用，缔约方亦可授予该会承担额外职责，包括起草一个将来代替总协定的组织大纲。实际上这已把问题搁置起来或是转移视线。由于欧共体与加拿大持同一立场，便批评美国奉行的是单边主义政策，并以农产品谈判与美国抗衡。参加乌拉圭回合谈判的其它国家代表当时认为只有乌拉圭回合谈判顺利结束，设立多边贸易组织机构问题才可能提到日程上来。不少发展中国家对创立MTO也持否定态度。在1990年12月在布鲁塞尔部长级会议之前总协定职能工作组并未讨论机构是任何实质性的问题。布鲁塞尔部长会议前后的文件也未包括关于建立多边贸易组织的文件草案。
1991年11月，当时任总协定干事的邓克尔提出了乌拉圭回合的一揽子草案，称《邓克尔最终决议草案》(邓克尔草案)，其中在纠纷解决一体化协定草案中提出了一项协调、统一总协定各项纠纷解决机制的程序规则。而这些规则又都与多边贸易组织相联系该组织要协调总协定各项纪律，并使其相互保持一致性。邓克尔草案也提出了一项建立多边贸易组织(MTO)的草案。高草案基本上是欧共体建议的内容。草案提出该机构将作为多边贸易组织成员之间贸易关系的共同机构，总协定的缔约方通过接受乌拉圭回合谈判结果的一揽子文件，即可成为多边贸易组织(MTO)的正式成员，当MTO正式建立生效时，所有成员方将共同受相同协议规则原则的约束，美国代表对邓克尔草案仍持批评态度，认为许多条文模糊不清，存在漏洞，实际上仍不支持建立一个组织，而且针对提出了美国政府的反建议，即建议起草以一项声明要求缔约方统一承认乌拉圭谈判结果，适用共同的纠纷解决机制。建议吸收了邓克尔草案中的有利内容，但不提MTO。
1992年1月针对乌拉圭回合的谈判情况，邓克尔向乌拉圭回合谈判委员会提出四项建议：⑴继续市场准如谈判;⑵继续谈判服务贸易;⑶对最后草案进行技术性修改;⑷对某些特殊问题做出具体调整，以便对一揽子协议获得一致意见。谈判委员会为第三项工作专门成立了“法律起草小组”。该小组在1992年3月专门就邓克尔草案中关于建立MTO问题进行非正式讨论。小组一系列工作的结果导致了1993年MTO的第二稿，有秘书处散发各国代表。与此同时，法律起草小组提出MTO仍存在一些问题需进一步讨论，如MTO的职能、纠纷解决的通知及协商条款、MTO的组织机构、总理事会的作用以及是否对“最不发达国家”做出定义等。然而很明显，建立多边贸易组织的工作仍不顾美国的阻挠在不断向前推进。
1992年4月，法律起草小组又对MTO条款进行了多次磋商，5月总协定秘书处又散发了第三稿。这一稿澄清了一些问题，但纠纷解决以及最不发达国家定义等仍未得到解决。另外，第三稿明确了总协定各缔约方在未来MTO中的权利与义务，即除乌拉圭回合中达成的各项许多外，尚包括总协定缔约方曾经做出的下述各项决议：⑴关于差别待遇和优惠待遇的规定;⑵关于收支平衡措施的决定;⑶保障措施应促进经济的发展;⑷1966年纠纷解决程序的决定;⑸1979年关于对最不发达国家待遇的谅解。与此同时，秘书处提出了修改关税与贸易总协定某些概念的建议，如将“缔约方”改为“成员放”、“缔约方全体”该为“货物贸易理事会”，“执行秘书”该为“MTO秘书处”等等。同时建议删除总协定中提及“临时适用许多书”的字眼，因为MTO将永久有效。总之，修改的目的是使总协定的文字、概念与MTO相一致，为最后通过MTO做好技术准备。
实际上到1992年12月份，乌拉圭回合的最终一揽子文件是否包括建立MTO的法律文件尚未决定。美国对是否需要建立MTO仍持保留态度。在具体问题上美国担心总协定“一国一票”的投票制度，从而使决策被小国所垄断。同时美国代表也反对MTO草案中的简单多数通过即可解释协定具体条款，以及部长理事会或总理事会三分之二绝对多数通过即可对协定条文进行修改而约束所有成员的条款草案。美国要求所有缔约方重申总协定过去在决策上采取的意思一致的做法。美国政府的目的十分清楚，担心随着众多发展中国家的加入，美国会失去对未来MTO的控制，担心MTO会做出对其不利的决定。
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