1.中国烟草的利益主体与行政管理主体存在矛盾。虽然国家对烟草的产、供、销实施了专卖专营，但对烟草财税体制未作特殊对待。在现行的分税体制下，为了保障地方财政的原有支出水平，中央政府仍按1993年的收支基数考核并确定对地方财政的转移支付。而对地方政府来说，高额的烟草税收不但是维持其财政收支基数的重要保障，而且还直接影响中央对其返还数量的多少(超额中央财政核定的税收基数后按一定比例返还);因此，由于烟草的高税高收益性(就卷烟工业而论，每年仅消费税和增值税两项就占其销售收入的一半以上)，使得地方政府把属地烟草工业当成了“摇钱树”。为了追求烟草税收进而追求地方财政收入的最大化，纷纷对属地卷烟工业实行保护政策，对外地卷烟进入本地市场严加封锁;这种地方政府的逐利行为，客观上是以牺牲卷烟主产区利益为前提的。因而使全国性的专卖专营实际上已演变成为地方专卖专营。
地方保护主义或明或暗地违犯国家专卖政策，盲目扩大生产规模，强化地产烟销售，不按计划组织生产，不按市场需求配置资源，优势企业由于受卷烟生产计划指标的刚性分配和有价特性影响，使得企业在扩大生产规模方面成为很难低成本逾越的鸿沟。这样，严重制约了优势企业的规模扩张，使得卷烟工业企业在扩大生产规模的进程中变得十分艰难和缓慢。劣势企业超产瞒产，偷漏税收，各自为政，难以实现优胜劣汰。这种现象从表面上看是烟草行业的“内耗”，而实质反映的却是中央政府与地方政府财政税收利益的分配关系。因而也不可避免地影响了烟草行业的整体利益。因此，地方政府从地方税收最大化的目标出发，干预属地烟草事务，干扰和扭曲了烟草产业的组织结构调整、合理布局、扶优扶强的实施，又阻碍了市场竞争机制的建立和完善，烟草企业的兼并、重组，做大做强频频受阻。这种烟草收益在地方，行业管理在中央的问题，造成责、权、利难以有机结合，使得烟草行业的全国性专卖被严重扭曲。这就是中国烟草的利益主体与行政管理主体存在矛盾的体制性障碍。
2.卷烟消费税与卷烟产销平衡的矛盾。消费税、顾名思义，应为消费环节纳税。但现实采用的是在生产环节纳税。这种消费税的征管办法，不利于卷烟工业企业的市场化和宏观调控。由于利益关系的驱使，各种行政干预越来越多，烟草企业很难做出正确的生产经营决策;而且导致产地与销地利益关系难以平衡。为了保护地方烟的产销，全国逐渐形成了“诸侯割据”的条块分割市场。在优化卷烟产销结构、保证市场供求关系的平衡和价格稳定方面，都产生了不小的负面影响。特别是卷烟的从量从价计税的出台，使得五类卷烟的生产全面亏损，工业环节减少或停止生产五类烟的问题已十分突出，带来的最直接影响是五类卷烟市场严重供不应求;低档烟叶难以消化，小烟厂和地方烟厂借机超产，五类卷烟制假问题也有所抬头。从而给卷烟工业企业的组织结构调整又增添了不利因素(为违法、违规生产五类烟留下了市场的销售空间)。
国际贸易大流通这一全球性的潮流，在我国烟草行业也必将流传开来。如何适应这种潮流的发展，运用好WTO的规则，我们应在以下几个方面积极应对。
1.当前我国烟草业仍应坚持“一要规范，二要改革，三要创新”的工作重点，建立和完善专卖体制下的适应市场经济要求的烟草市场体系，构建全国统一、规范有序、公平竞争的大市场。要维护国家的整体利益不受侵害，维护《烟草专卖法》的尊严，坚决制止地方专卖代替国家专卖的错误做法;要采取法律的、行政的和经济的手段，彻底打破地区封锁和条块分割，对有令不行，有禁不止，有关部门要采取断然措施，纠正偏差。以利于《烟草专卖法》的全面实施，以利于中国烟草的健康发展，以利于提高中国烟草的整体竞争实力。
2.要改革烟草计划管理体制，以适应市场经济和国际化烟草市场竞争的需要。为了适应加入WTO后的国际化烟草市场竞争的需要，从烟草的计划管理体制上保障我国的烟草企业做大做强，就必须对现行的烟草计划管理体制进行改革。要按市场的原则，扶优扶强的原则，真正建立起符合市场经济要求的、卷烟产销自求平衡的管理机制;即实现真正意义上的以销定购，以购定产(以卷烟的购销定单决定生产量)，这样有利于实现中国卷烟工业的结构调整——企业优胜劣汰的实现，有利于名优品牌做大做强，有利于优势企业发展壮大，有利于烟草优势资源的合理配置。
在加大卷烟产品结构的调整力度，压缩精简卷烟牌号，培育有一定规模优势、有较高的技术含量、有很强的市场竞争力和穿透力，有较大的市场占有率和覆盖率，深受广大消费者欢迎的中国名优品牌卷烟。
3.要积极推进中国烟草组织结构的调整。从目前我国烟草组织机构实际运作水平及存在的问题看，一是利益主体多元化，容易产生整体利益与局部利益的矛盾。甚至会因利益主体多而导致政令不通、各行其是、地区封锁、条块分割、相互制约，不利于利益关系的调整。二是管理层次多，管理就很难高效运作。三是专卖专营集一身，容易产生管外不管内或外紧内松，顾此失彼。因此，首先应在全国范围内全面取消县级烟草公司的建制，将县级烟草公司改建成烟草分公司的报帐式卷烟配送中心，并应以市管县的区域经济格局的模式，强化市级烟草分公司的职能。取消省级烟草公司的经营职能，重点突出省级烟草公司的宏观调控能力。为彻底解决省级烟草公司与分公司利益关系不清而管理不到位的问题，各省级公司的经费来源，统有国家烟草专卖局拨付，这也是今后实施政企分开的步骤之一。从而，在烟草系统组织机构的构建框架上，保证为建立中国烟草统一的大市场，打破地区封锁做好组织上的保障，以此解决省级公司“既是运动员，又是裁判员”的双重身份带来的弊端。
4.改革消费税的征收环节，降低五类卷烟的消费税率，是整合中国烟草和解决五类卷烟供求矛盾的关键。将现行的由生产环节缴纳卷烟消费税改为消费环节缴纳卷烟消费税(考虑降低消费税征收的成本和减少偷漏税的可能性问题，先期可在卷烟批发环节纳税，尔后逐步按国际惯例实现在卷烟零售环节缴纳消费税)。这样既可解决因利益关系导致的地方干预、干涉造成的盲目扩大卷烟生产规模，又可以解决卷烟工业企业因税收变化造成的省际间兼并重组的难度，提高烟草系统宏观调控能力，并可正确评价卷烟生产环节给国家和地方的贡献率，以此端正卷烟生产与经营的观点，改善地方政府与烟草系统相互支持与协作的关系，都具有十分重要的意义。
从我国农村收入与消费水准判定，五类烟的消费市场在较长一段时期内依然十分庞大。因此，以烟草业服务于广大农民和解决卷烟供求平衡的市场观点，适当降低五类卷烟的消费税率，提高一类卷烟的消费税率，以刺激低档烟生产，降低低次烟叶库存压力，调节供求关系;从而，既不影响同期的国家财政收入，实现了卷烟生产企业减少政策性亏损的可能性，又可达到卷烟市场的供求平衡，满足不同层次消费者的需求。
5.要尽快在今后外商与国内烟草业竞争激烈的大、中型城市构建系统内的卷烟零售环节——终端销售。理由如下：一是其它商业部门兴衰演变对我们的启示(如我省的副食品公司、民族贸易公司等，因缺少终端销售环节，市场严重丢失而相继破产)。二是中石油在全国范围内大量收购加油站，以保障终端销售的主动权掌握在自己手中的示范作用。三是有了自建自管、运转自如、调控有力的终端销售，就能有效提高烟草系统的市场竞争力，也就提高了外商进入国内市场、参与竞争的门槛。四是对规范国内卷烟市场经营，抵制假冒、走私烟的冲击，稳定市场价格，提高自身经营能力，进一步提高烟草系统的经济效益也是十分必要的。
6.根据工、商双赢的发展思路，烟草系统可以在工、商各方拥有的品牌、资产和市场资源优势的基础上，组建以市场为基础，以双方投资为纽带，以建立大、中型城市卷烟销售终端为切入点，以做大做强名优品牌卷烟为突破口;达到市场共建、品牌共育、利益共享、风险共担、优势互补、共同发展的目的。以求实现完善卷烟销售网络体系，拓展市场空间，强基固本，扶优扶强，充分利用市场资源，提高市场控制力，提高烟草系统入世后抗御市场风险的能力。
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