尽管区域贸易协定能够在区域内部推动贸易自由化，但相对于多边贸易体制，它仍是次优选择，只有在多边层面的自由化遇到阻力时才转而使用。若干现象表明，即使最强大的国家，也会因为多重贸易协定的谈判和实施而损伤其制度能力，并减弱对多边层面自由化的热情。尽管许多国家越来越关注于区域性贸易协定，但是从全球角度来看，多边体制仍不可完全被其所替代。
区域贸易协定的激增将使贸易环境更加复杂。区域贸易协定创造了既定利益，避免了优惠利益的压缩，但因此而产生的曲折复杂的规则却使国际贸易成本升高、环境复杂。尤其是当自由化所基于的优惠基础并不容于当前的最惠国待遇自由化时，其产生的贸易和投资扭曲威胁到国际贸易的平衡发展。
一项题为“原产地规则：世界地图”的研究，分析了全世界区域贸易协定中原产地体制的类型、效应和相关复杂性。该研究试图确定强制性原产地规则对于出口商究竟有多大限制。研究发现，一般情况下，优惠体制中的原产地规则比非优惠规则的限制更大，针对农产品和纺织品的规则比其他部门产品的限制更大。研究同时指出，除非将各种区域优惠性原产地规则统一成单一的、全球性优惠体制，否则世界仍将继续面临目前复杂的规则网。
“新区域主义”盛行使区域贸易协定不断相互交叉、重叠和搭接。不同协定除原产地规则相异外，还包含着迥异的贸易自由化时间表。如果某一缔约方在协定生效时采取激进方式对所有产品实现完全贸易自由化，当然就无需此类时间表，但现实往往相反。一般情况下，区域贸易协定都包含基于双边或地区的逐步减让时间表。这种时间表还很有可能是不对称的，它允许一方缔约国设置较长过渡期，而大部分国家都希望过渡期越长越好或将最敏感商品排除在外。这恰恰是多边贸易体制尽力避免和不愿看到的。
