由于设置绿色贸易壁垒的主要是发达国家袁发展中国家的贸易利益通常成为牺牲品。它的实施没有考虑到发达国家工业化过程中对环境保护所欠的帐袁超越了发展中国家经济发展水平及技术水平的承受能力的现状袁对各种不同发展水平的国家的产品规定统一的市场准入条件袁这也具有一定的不公平性。往往这些市场准入规定过于复杂化且经常变化袁违背国民待遇的原则袁制定时也实施内外有别的双重标准袁使出口国商品难以进入袁进口国很容易就行使自由裁量权以实施贸易制裁。另外这些规定在执行过程中袁一方面给进口国进入市场造成限制袁另一方面也容易发生争议袁拖延时间袁影响发展中国家的贸易。