（1）财务部门、资金使用部门的协作不够。项目预算管理是行政事业单位预算管理的一部分。目前，部分行政事业单位的项目申报不规范，资金使用部门对预算绩效管理不熟悉。在实际工作中，往往由财务部门申报绩效目标。但是，财务部门对项目情况并不熟悉，申报绩效目标的随意性较大，容易跑偏、走样。各部门的职责履行不到位，在绩效目标申报方面的协调性不足。首先，资金使用部门普遍认为申报预算资金是财务部门的工作职能，财务部门与财政部门的联系紧密，项目绩效目标申报由财务部门进行，造成资金使用部门不参与或被动参与预算绩效管理。其次，财务部门能够提供历年预算下达、执行的数据，对容易失控的费用，如差旅费、培训费、会议费等，财务部门比业务部门更加清楚财经纪律、费用标准，但是在预算申报方面，未能向业务部门提供有效指导，造成预算申报不准确。
（2）绩效指标设置混淆。部分行政事业单位的绩效指标设置混淆，主要存在以下几个方面的问题。第一，长期目标与年度目标混淆。对于跨年度预算，将整个实施期内的预算作为年度预算进行申报，将长期目标设置为年度目标。第二，质量指标与效益指标混淆。质量指标是项目提供公共产品和服务的预期水平。比如，在医疗设备采购环节，设备故障率、质量合格率是项目质量指标，而疾病治愈率、治疗率、控制率是项目效益指标。效益指标是绩效指标设置的重点，也是难点，它是从受益人的角度出发，回答 多大程度上增进了公共利益，获得的利益与项目预算是否匹配 等问题。在实际工作过程中，常常将质量指标、效益指标混为一谈。第三，将满意度指标代替效益指标。当不清楚如何设置效益指标及指标值时，通常以满意度指标代替效益指标。主要是因为工作人员未能理解指标含义，对项目实施意义和效果一知半解，没有结合项目实施方案设置相应指标。
（3）设置不相关、弱相关、易实现的指标。部分行政事业单位没有选择最能反映绩效管理要求的关键性指标，指标值设置偏低。比如，成本指标比成本总额指标更能体现产出数量与成本的关系，但是部分行政事业单位却将成本指标设置为不超过预算控制数。不超过预算控制数是预算申报的基本要求，如果实际执行中预算金额不足以完成全部工作，需要履行预算追加及审批手续。预算申报单位将预算金额设置为成本指标上限，不能体现成本控制的具体要求。对于时效指标，按照工作计划的要求设置相应的约束性时效指标，可以直观地反映项目完成时效。但是在实际工作中，经常将时效指标设置为预算年度；预算年度时间覆盖全年，未能体现项目执行的时效要求。首先，生搬硬套标准指标体系。近年来，各行业逐步建立了不同行业、领域、层次的标准指标体系，在一定程度上规范了指标框架。随着社会经济发展，同类项目的规模及工作要求不尽相同，以标准指标申报预算，未能充分体现项目特点，不利于项目完成后的绩效评价工作开展。其次，预算申报人员对绩效管理存在畏难情绪，申报时避重就轻，设置容易完成的指标，为事后的绩效评价工作留有空间，有利于提升绩效评价效果。
（4）指标值量化不够。绩效指标是绩效目标的分解和细化，量化是绩效指标设置的基本要求。但是在绩效目标申报时，申报人员普遍感到效益指标不好量化，指标值无法设定具体的数据，常用 好 提高 改善 等抽象、笼统、宽泛的定性词语。定性指标一般是个人主观感受，客观性不足。例如，每个人对 提高 的感受程度是不一样的，提高到多少才算提高？是超过行业平均水平，还是历史平均水平？定性描述不够明确，不具有可比性，不利于事中运行监控、事后绩效评价。申报人员对指标值的设定依据了解不充分，不清楚怎样获取基础数据。
